Звідси одним з ключових моментів в роботі системи платіжних терміналів. на який звертають увагу - розмір комісії, що стягується при здійсненні платежу.
Основний прибуток, що отримується системою прийому платежів, це різниця між сумою прийнятої на терміналі і сумою фактично зарахованої на рахунок клієнта.
У деяких випадках комісія може бути відсутнім. Таким прикладом може служити прийом оплати на користь якого-небудь сервіс-оператора, в договорі з яким стягнення комісії заборонено. Однак це не означає, що платіжна система працює вхолосту, не отримуючи прибутку з таких платежів. Частина коштів повертається в скарбничку платіжної системи у вигляді агентської винагороди, яка виплачує організація-одержувач платежу системі (агентом виступає платіжна система, яка фактично приймає платежі за дорученням організації-одержувача, за що і отримує винагороду).
У деяких випадках прибуток формується за рахунок стягуваної з платника комісії і агентського винагороди, одержуваного в кінці розрахункового періоду (як правило така практика є при роботі з операторами стільникового зв'язку, але бувають і виключення).
Як правило, логіка стягнення комісії така: стягується певний відсоток від внесеної суми, але не менше скількох-то руб. Це означає, що він внесеної для здійснення платежу суми буде утримано певний відсоток, але якщо розмір суми, розрахованої як певний відсоток від внесених коштів, буде менше певної суми (мінімального інтересу), розмір комісії буде автоматично збільшено до розміру мінімального інтересу.
Наприклад, платіжною системою встановлена логіка: 5%, але не менше 5 руб. Це означає, що якою б платіж не було здійснено, буде утримана комісія не менше 5 руб. навіть якщо така комісія перевищить 5-відсотковий поріг. Т. е. З кожного (будь-якого) платежу на користь оператора, за яким встановлена така комісія, буде отримано прибуток 5 руб. або більше. Це мінімальний інтерес. Якщо частина в 5% від внесеної суми перевищить 5-рублевий поріг, то буде утримана вона. Іншими словами, з 10 руб. буде утримана комісія 5 руб. (Т. К. 5% від 10 руб. Це 50 коп. Що менше мінімального інтересу, рівного 5 рублям). С, покладемо, 50 руб. також буде утримана сума 5 руб. (5% від 50 руб. Це 2,5 рубля, а мінімальний інтерес 5 руб. - на меншу платіжна система не готова). З 100 руб. при такій комісійної ставкою буде знято 5 руб. (В даному випадку і процентний і мінімальний інтерес збігаються і становлять 5 руб.). З 200 руб. буде утримана комісія, яка дорівнює 10 руб. (В даному випадку була розрахована сума в 5% від 200 руб. І вона не меншій, ніж мінімальний інтересу, значить, буде утримана вона).
Існують і інші логіки стягнення комісії: наприклад, при платежі понад 300 руб. комісія не стягується, а платіж до 300 руб. змусить розлучитися з 4% від внесеної суми. Або інший відомий спосіб: платежі до 10 руб. мають 3-рублеву комісію, від 10 до 50 руб. 4-рублеву, від 50 до 100 руб. - 5-рублеву, а всі платежі понад 100 руб. - 3% від суми платежу.