Річки Алтайського краю служать джерелом енергії, використовуються для судноплавства, рибальства, зрошення, сплаву лісу, відпочинку та забезпечення водою населених пунктів. Половина гідроенергетичних ресурсів Західного Сибіру припадає на частку Алтаю. Запаси гідроенергії - близько 14 млн. Квт, з них 10,6 млн. Квт в Гірському Алтаї. У горах - сприятливі умови для будівництва електростанцій; більшу частину року річки мають високий рівень води, значний ухил, який впливає на швидкість течії; вузькі ділянки долин зі скелястими берегами, що складаються з твердих порід, зручні для створення гребель; звужені частини долин чергуються з широкими, де можливе будівництво водосховищ.
Для зрошення в основному використовується Алейска зрошувальна система (Рубцовский район) - найбільша в краї. Протяжність її каналів - 322 км. Вона забезпечує вологою площу в 11 тис. Га. У Кулунде частина полів зрошують водами весняної повені. Існує кілька проектів зрошення алтайських степів за рахунок Обі і підземних вод Кулунди. У Курайська, Чуйської і інших степах Гірського Алтаю проводять зрошення для поліпшення пасовищ.
Рибальством займаються в основному на Обі. На інших річках та озерах краю організований любительський лов.
Річки та озера - найкращі місця відпочинку. По гірських річках через пороги і перекати на плотах і байдарках подорожують водники-туристи. Інших привертає спокійна гладь рівнинних річок і озер, на пароплавах і човнах пливуть відпочиваючі, милуючись мальовничими берегами. Особливо гарні гірські озера. Вони прикрашають суворі льодовикові області високогір'я; серед альпійських лугів і важкодоступній тайги чарівна краса їх чарівна. Туристи і відпочиваючі добре знають Манжерокское і Айская озера в долині Катуні. Каракольський на Сумультінскій хребті, Кучерлинское, Аккемское - на Катунського хребта. Озеро Шавло в Північно-Чуйському хребті академік Б. Н. Делоне назвав «чемпіоном краси». Біля витоків Бії. на північному березі Телецкого озера. знаходиться головна туристська база «Золоте озеро», в складі якої є дитяча база «Ведмедик». На північному сході Горького-перешеечная озера розташований курорт Лебедине.
У краї є ставки і водойми, де розводять рибу і водоплавних птахів.