Залізничний транспорт в Російській Федерації грає виключно важливу роль. Більше 75% загальних перевезень вантажів і 40% перевезень пасажирів здійснюється по залізницях.
Основними видами впливу залізничного транспорту на навколишнє середовище є: викиди твердих, рідких і газоподібних речовин в усі компоненти середовища; відчуження територій; споживання підприємствами і рухомим складом води, паливних ресурсів і електроенергії; шум і вібрація. Ще один потенційно небезпечний для навколишнього середовища вид впливу - перевезення вибухових, хімічних та інших небезпечних вантажів.
Атмосферні викиди підприємств залізничного транспорту містять тверді речовини органічного та неорганічного походження: пил, сажа - 50%, окис вуглецю - 23%, діоксид сірки - 22%, діоксид азоту - 3%, інші (пари кислот і лугів, фтористі з'єднання, вуглеводні, сірководень, ацетон, пари бензину, аміак) - 2%. В останні роки обсяг викидів в атмосферу істотно скоротився завдяки структурним змінам локомотивного парку - заміні паровозів і тепловозів на електровози.
Забруднення грунтового покриву відбувається при переливанні палива, при відкритій перевезення сипучих вантажів. Щорічно з пасажирських вагонів на кожен кілометр шляху виливається до 200 м3 стічних вод і викидається 12 тонн сухого сміття.
Шум, створюваний роботою залізничного транспорту, досягає в середньому 65-75 децибел на відстані 25 м від осі колії.
При всіх несприятливих впливах залізничного транспорту на природу все ж слід зазначити, що цей вид транспорту є екологічно чистішим, ніж автомобільний. Це пояснюється, перш за все, меншою кількістю шкідливих викидів на одиницю виконаної роботи.
Вплив залізничного транспорту на навколишнє середовище характеризується ступенем забруднення уздовж залізниць. Основними критеріями оцінки є: обсяги перевезених вантажів, наявність забруднюючих вантажів, а також частота руху пасажирських поїздів.
До високого ступеня забруднення віднесені магістральні залізниці з вантажопотоком більш 30 млн тонн на рік в обох напрямках і частотою руху пасажирських поїздів від 20 до 45 пар на добу. Ширина маркою смуги може досягати 300 м.
Низька ймовірність забруднення уздовж залізниць з вантажопотоком менш 10 млн тонн на рік і невеликою часткою забруднюючих вантажів, з частотою руху пасажирських поїздів менше 10 пар на добу.
Вплив водного транспорту на навколишнє середовище пов'язане, перш за все, з втратою нафтопродуктів при навантаження і вивантаження, скидами забруднених вод, зносом сипучих вантажів з причалів, порушеннями дна водних об'єктів при роботі земснарядів.
До слабкому ступені забруднення віднесені водні об'єкти з вантажопотоком 1-10 млн тонн при незначній частці нафтопродуктів: Північна Двіна, Єнісей (від Красноярська до Ігарки), Олена (від Кіренська до гирла Вилюя), Амур (від Благовєщенська від гирла Уссурі), Онезьке озеро . Рибінська водосховище і ін.
Високим ступенем забруднення оцінюються великі міста Росії із загальним вантажообігом від 5 до 20 млн тонн на рік: Ростов-на-Дону, Казань. Тула, Астрахань, Чита, Хабаровськ та ін.