Розгром Кучума справив величезне враження на місцеве населення, яке поспішило добровільно прийняти російське підданство. Однак, спокій на південно-сибірської межах так і не встановилося. Протягом всього 17 століття нащадки Кучума продовжували турбувати набігами російські селища і татарські улуси.
З кінця 16 століття в Пріїртишье починають проникати західно-монгольські племена (ойроти або чорні калмики), які починають вимагати данину з барабинских татар. З 20 - х років 17 століття вони почали витісняти татар з р. Омі на північ, громлячи їх улуси. "У калмицьких степах, - писав Г. Н. Потанін, - багато було рабів з барабінцев, які за клопотанням російського прикордонного начальства, сотнями поверталися калмицьким начальством на батьківщину, в Сибір". У прикордонних волостях постійно "на береженого" знаходився загін служивих людей з Тари.
У 1601 року до томським татарам був посланий син боярський В. Тирке, який встановив відносини з місцевою знаттю. У 1603 році До Москви прибув князьок Танення і просив поставити в Томській землі російський острог. У 1604 році керівник загону Писемський доповідав у Москву про те, що Томський острог побудований. Томськ став військово-адміністративним центром Томського повіту. Його гарнізон забезпечував охорону міста і населення повіту. Російським властям стало відомо, що зброя кочівникам поставляли шорці "кузнецькі татари", що потрапили у васальну залежність від Ойротська феодалів. За наказом Москви в Наприкінці 1617 року зведений загін під командуванням О. Харламова рушив з Томська до гирла р. Кондоми. До травня 1618 фортеця Кузнецьк була споруджена. Створення Кузнецька поклало початок приєднанню до Росії величезної території на півдні Західного Сибіру від верхів'ям Іртиша на заході до верхів'їв Томі на сході. Однак в той момент росіяни не мали достатніх сил для рішучої відсічі ордам кочівників і уряд наказувало місцевим властям всіляко уникати конфліктів.
Подальше просування російських на південь виявилося неможливим тому в 30-х роках 17 століття західні монголи створили сильну державу Джунгарию. Верховний правитель Джунгарії - контайша прагнув створити велику імперію, що включає в себе Монголію, Алтай, Казахстан і Середню Азію. Обережна політика, що проводиться Московським урядом, викликала невдоволення місцевого населення, вимушеного платити данину і російським і монголам. Через постійну військової небезпеки територія нинішньої Новосибірської області залишалася поза основної зони розселення росіян. Лише в кінці 17 століття землеробська колонізація підступила до кордону новосибірського ділянки Приоб'я. Одні з перших хто, зважився це зробити, був боярський син Олексій Круглик, який 1695 року заснував ріллю вище Уртамского острогу на р. ІКСІ. Цей рік можна вважати датою заснування д. Кругликової Болотнінского району НСО. Майже одночасно зачорніли оранки російських на р. Ояш, Іня і з'явилися села Пашкова, Красулина, Гутова.
Однак через загрозу набігів кочівників власники ріллі воліли постійно жити поблизу в'язниць. Для забезпечення безпеки російських поселенців в гирлі р. Умреви в 1703 році був, споруджений Умревенскій острог. Незабаром після споруди Умревінского гострого виникає перше російське поселення на території майбутнього Новосибірська. село Крівощековская. Свою назву село отримало на прізвисько служивого людини Федора Кривощеков. Приблизно в цей же час з'явилося перше постійне поселення на р. Бердь село Морозова. У 1709 році російські побудували в гирлі річок Бії і Катуні Бікатунскую фортеця, яка стала більмом в оці у правителів Джунгарии. Під час одного з набігів ойроти спалили її. Розуміючи, що тільки будівництво комплексу укріплених пунктів здатне убезпечити мирне населення Томська комендант Трахініотов в 1713 році велів дворянину Лаврентьєву підшукати місце для будівництва острогу в гирлі р. Чаус. Лаврентьєв визнав за доцільне побудувати острог в новій поселень Анісімовій села. Для несення служби в Чаусскій острог перевели 30 козаків. Острог став важливим транспортним пунктом на Московсько-Сибірському тракті. До 1720 року в окрузі Чаусского острогу існували д. Велика і Мала Ояшінскіе, Усть -Інская, Ярська, всього 11. Протягом наступних 20 років виникло 28 сіл (Бозойская, Крохалевская, Скалінская, Пічугова, Кріводаново, Чіковская і ін.) Населення в більшою мірою складалося з селян-втікачів, ямщиков і різночинців. У 20-х роках 18 століття в окрузі оселилося багато жителів м Тари, які відмовилися присягнути Катерині I, після її коронації Петром I в 1722 році і, рятуючись від розшуку, були змушені тікати. Козаки Чаусского гарнізону були Беломестная козаками, тобто платні не отримували, а служили "з землі і з трави", тобто їм надавалися земельні наділи На них лягали різноманітні повинності щодо несення караулів, змістом зимовий, ремонту суден.
Поблизу форпостів виникали села, зимарки, де жили селяни, що містили коней для казенних роз'їздів.
Головним заняттям було землеробство. Орали дерев'яної сохою з залізними наконечниками. Сіяли головним чином жито, менше овес, ячмінь, пшеницю. На городах вирощували різні овочі: цибуля, часник, морква, капусту, ріпу, огірки. Широко застосовувалося перелогова система землеробства, при якій після декількох років використання надовго кидали для "відпочинку". Добрив не вносили, тому що цілинні землі давали відносно високі врожаї. Заможні селяни чималу частину зерна продавали в сибірські міста, фортеці, розташовані на півночі: Томськ, Нарим, Сургут, Березів, де ціни на нього були високі. До кінця 17 століття Томський повіт вже обходився своїм хлібом. У Кузнецькому повіті свого хліба в цей період не вистачало. В цілому Сибір до кінця 17 століття стала обходиться своїм хлібом, відмовившись від його завезення з Європейської Росії. У 1685 році з поморських міст була знята повинність поставляти в Сибір хліб. Тепер стояло завдання перерозподілу хліба всередині Сибіру від виробляють районів до споживають. Місцеве населення в одиничних випадках намагалося вести землеробство за російським зразком. Чи не залучалося воно і до підневільного праці на государевих і монастирських заорювання. Руками російської людини, його потім Сибір перетворювалася в хлібородний край.
Найважливішою галуззю господарства було тваринництво осілого типу з заготівлею сіна на зиму. Містили коней, велику рогату худобу, овець, кіз. Це давало селянам тяглову силу для обробітку полів, перевезення вантажів, забезпечувало м'ясом, молоком, шкірою, шерстю. Багаті селяни мали в своєму господарстві великі табуни худоби.
Допоміжну роль грали полювання і рибальство. Селянське господарство носило натуральний характер: в ньому виготовляли майже всі предмети домашнього ужитку. Земля, яка поїла і годувала селянина належала йому. Вона була державною. За користування нею селянин виконував певні повинності. Спочатку це були натуральний і грошовий оброки, якими обкладався кожен двір, а з 1724 року подушна грошова подати з кожного чоловічої душі. На користь держави хлібороби виконували і інші повинності: перевозили казенні вантажі, будували дороги.
Приєднання Західного Сибіру до Росії було не тільки політичним актом. Більш істотну роль в процесі включення Сибіру до складу Росії грало господарське освоєння території російським народом. З 90-х років 16 століття розвернувся масовий приплив переселенців з європейської частини країни в Сибір. Переважна частина западносибирского населення складалася з вільних поселенців, які втекли від феодального гніту. Урядова діяльність з переказу і засланні на ріллю не дала істотних результатів. Незважаючи на величезні труднощі для нових поселенців заселення і господарське освоєння Західного Сибіру в кінці 16 століття - початку 18 століття розвивалося успішно. Господарська діяльність російських зробила благодійний вплив і на удосконалення господарства аборигенів.
Схема державного управління Сибіром в 1720-1760х.