Дикорослі томати запліднюються перехресним запиленням (як і більшість інших рослин), домашні ж сорти схильні до самозапилення. Через це дикорослі томати відрізняються будовою квіток (наприклад, їх маточки виходять з квітки далі, ніж у культурних сортів).
Незважаючи на сорт томата, здатність до самозапилення завжди обмежена, тому що виробляється внаслідок впливу сторонніх чинників (наприклад, бджіл або вітру). Все це через будову пильовика квіток, які являють собою порожню трубку (вона і є джерелом появи пилку).
Пилок з'являється в самій трубці, а не на її поверхні, як у більшості інших рослин. Через її стінки, як через фільтр, пилок потрапляє в Пильніковие мішок. Кількість пилку в Пильніковие мішку дуже маленьке і його не вистачає для повноцінного самозапилення. Тому, щоб проникнути в Пильніковие мішок, пилку томатів необхідна «стороння» допомогу.
Основним помічником томатів в заплідненні є звичайні бджоли або дика бджола-халісід. Іноді, для того, щоб поліпшити процес запилення, вдаються до «допомоги» джмелів. При вирощуванні томатів в теплицях з обмеженою або відсутньою циркуляцією повітря використання комах просто необхідно. На відкритій місцевості ці турботи беруть на себе «природні» запилювачі, такі як вітер і т.д.
При високій щільності посадки або у випадках, коли виробництво томатів поставлено на промисловий рівень, для штучного запилення можна скористатися гідропонікою.
Ще один спосіб, яким можна скористатися: під час цвітіння кожен день опівдні струшувати рослини, щоб обсипалася і поширювалася пилок. Погода в цей момент повинна бути сухою і теплою, а через деякий час після «струшувань» слід провести легке дощування, щоб пилок прилипла до нових суцвіттям.