Свою «родовід» Сибірське козацьке військо веде ще з часів Єрмака Тимофійовича. З 1582-го року Єрмаковського козаки стали іменуватися «царської служивий раттю».
За рік до цього Єрмак зі своєю дружиною вирушив у далеку і незвідану Сибір, щоб підкорити столицю хана Кучума Искер і розвідати нові землі. Однак Єрмак так само, як і його козаки, були вбиті. Сумна звістка швидко рознеслася по всій Русі.
З сибірської козачої пісні:
«Ну, скажіть мені, Сибірцев,
Як живете на посаді? »-
«Служимо вірно, як і діди,
Богу, батьківщині, царю ».
Для Москви освоєння і завоювання Сибіру було дуже важливим. Для цього були споряджені нові загони з козаків і «охочих» людей. Так вже взимку 1586-87 рр. козаки, які не діставшись до Іскера, заклали острог на річці Тюмені. Цей момент історики вважають фактичною датою заснування Сибірського війська.
Швидко йшло завоювання Сибіру. З'явилися нові остроги, які в сьогодні перетворилися в міста Тобольськ, Єнісейськ, Красноярськ, Томськ, Іркутськ. Після Єрмака колонізацію земель в Сибіру очолив отаман Мещеряк. У загони, які відправлялися підкорювати нові рубежі вітчизни, вступало все більше і більше воїнів, будь то козак або стрілець.
Перші сибіряки не складали відокремленого війська і не мали навіть єдиного найменування, козаки називалися по містах. Так незабаром з'явилися березовські, тюменські, Тарський, мангазейский козаки. Відомо, що прибули в Сибір заслані козаки запорізького отамана Михайло Скиби і малоросійського гетьмана Дем'яна Мноногрешного. Після війни з Наполеоном Сибірське військо поповнили французькі солдати. Російське Уряд намагалася всіма заходами і засобами поширити свою владу на багатий край. У загонах, які посилалася за Уральські гори, практично не було жінок.
Але недовго тривала сибірська вольниця. Вже на початку XVIII століття вийшов царський указ про те, що «в службу брати всіх дітей козаків і засланців невільників, а в отамани нікого без указу не вибирати». Крім цього належало зібрати всіх козаків в єдине військо, за допомогою якого можна було продовжувати підкорення Сходу Росії. Адже приклади Донського, Чорноморського і Терського козацтва підтвердили перевагу уніфікованого війська. Бійці в них боролися не тільки за царя, а й за честь свого війська - так підвищувався загальний бойовий дух.
У 1716 році по річці Іртиш почалося будівництво нової укріпленої прикордонної лінії. Основою кордону стала Омська фортеця, яка незабаром перетворилася в столицю Сибірського війська. У 1763 році ця лінія отримала ім'я «Сибірської лінії козаків». Все проживали там, повинні були служити «доки в силах», а їхні діти і внуки мали продовжувати службу своїх батьків. До 1760 року козаки не мали свого отамана.
І.І. Шпрінгер, начальник всіх прикордонних ліній Сибіру доносив в Сенат в 1765 році: «З глибоким жалем дивлячись на бідних сибірських козаків, я приходжу до висновку, що, не допускаючи їх остаточного ослаблення, необхідно дати їм можливість хоч трохи поправитися». Але ж у сибірського козака часу для ведення підсобного господарства не було. Лише в 1770 році поселенців звільнили від казенного хліборобства і від дармових робіт у фортецях і форпостах. Іноді виходило так, що засланці жили краще, ніж місцеві козаки. Парадокс, але бідні козаки, незважаючи на всі позбавлення, продовжували розширювати межі країни і боротися в ім'я Росії. Сибірські козаки, можна сказати, відкрили пів-Росії, практично всі міста Сибіру створені їх руками. Сибірцев першими дісталися до Курил, саме вони привнесли в ці далекі краї російську культури і православну віру.