Що стало причиною нештатного запуску, поки невідомо. Розслідуванням невдачі запуску супутників "ГЛОНАСС-М" в даний час займається спеціальна комісія, яку очолив директор Центрального науково-дослідного інституту машинобудування Геннадій Райкунов. Керівником комісії Райкунов був призначений розпорядженням голови Роскосмосу Анатолія Пермінова. За оцінкою Роскосмосу, Райкунов зможе забезпечити "неупередженість розслідування".
У прес-службі Державного космічного науково-виробничого центру імені Хрунічева оголосили, що старт "Протона-М" пройшов в повністю штатному режимі. Однак з нез'ясованої причини ракета-носій відхилилася від курсу на вісім градусів. Спочатку передбачалося, що розгінний блок ДМ-3 після відділення від "Протон-М" "виробив імпульс більше розрахункового", через що супутники вийшли на більш високу, ніж необхідно, орбіту. Пізніше фахівці спростували цю версію. Виробництвом ДМ-3 займається ракетно-космічна корпорація "Енергія".
Імовірно, неточності в математичному забезпеченні ракети призвели до її відхилення від необхідного курсу. Невірні розрахунки були завантажені в бортовий комп'ютер "Протон-М", в результаті чого двигуни надали ракеті занадто великий імпульс, що і послужило причиною сходу з заданої траєкторії. При цьому підкреслювалося, що всі системи ракети відпрацювали штатно згідно заданою програмою.
Точний розмір фінансових втрат Росії від невдалого пуску "Протон-М" поки не названий. За попередньою оцінкою, він може скласти кілька мільярдів рублів. За словами джерела агентства "Інтерфакс" в ракетно-космічній галузі, космічні запуски зазвичай страхуються і нинішній невдалий запуск "ГЛОНАСС-М" швидше за все відноситься до страхового випадку. Сума збитку включає в себе багатомільярдну вартість трьох супутників, а також вартість ракети-носія і розгінного блоку ДМ-3. Цінник на останні два компонента становить близько 70 мільйонів доларів.