Перелом у творчості Гойї настав на початку 1790-х років. Глухота, що вразила художника після важкої хвороби взимку 1792-93, змінила образ його життя і збіглася за часом з погіршенням суспільно-політичної ситуації в Іспанії. Призначений директором мальовничого відділення мадридської Академії Сан-Фернандо (1795-97), Гойя був змушений через хворобу залишити цю посаду. Замкнув в собі, він все частіше працює не на замовлення, знайшовши повну творчу свободу. Твори Гойї (як у його сучасника І. Г. Фюсли) наповнюються гротескними образами, одкровеннями і прозріннями, а іноді і сценами, взятими з дійсності, але жахом того переважаючими будь вигадка ( «Трибунал інквізиції», 1794, Музей Академії Сан-Фернандо, Мадрид ; «Двір божевільні в Сарагосі», 1794, Музей Медоус, Даллас, штат Техас). Будучи з 1799 року першим художником короля, Гойя продовжував створювати багато портретів. У кращих з них акцентовані високу гідність особистості, сильний темперамент: портрети герцогині Альби (Музей Іспанського суспільства, Нью-Йорк, і інші збори), французького посла Ф. Гіймарде (1798 року, Лувр, Париж), «Ла Тирана» (1802, Академія Сан-Фернандо, Мадрид), Ісабель Кобос де Порсель (близько 1806, Національна галерея, Лондон), кілька автопортретів (1810-ті роки, Прадо та ін.). У картинах «Маха одягнена» і «Маха оголена» (1798-1805, Прадо), звернувшись до алегоричній темі «Венери небесної і Венери земний», Гойя з портретної характерністю пише цілком реальну модель (ймовірно, герцогиню Альба). Однак нерідко Гойя привносив в портрети особисте ставлення, що виявлялося в іронічній гіпертрофованої «натуральності», особливо в зображеннях членів королівської родини ( «Сім'я Карла IV», 1800, Прадо; «Кінний портрет Фердинанда VII», 1808, Музей Академії Сан-Фернандо) і наближених двору ( «Годой - переможець Португалії», 1801, там же, і ін.). У 1798 Гойя виконує останню релігійну розпис - в церкві Сан-Антоніо-де-ла-Флорида в Мадриді.
