Перші католики з'явилися в Томську ще в XVII столітті ( «литва служива»), католицьке населення стало поповнюватися за рахунок засланців після наполеонівських воєн. після придушення польських повстань 1830 і 1863 року. У зв'язку з цим, жителі Томська іноді називають католицький храм міста «Польським костелом». Ініціатором спорудження з'явився засланий до Томська французький підданий граф Олександр Машинский. Ділянка під будівництво костелу на Воскресенській горе виклопотав вкрай Ремігій Апонасевіч (куратор Томського приходу з 1825 року).
Цікаво, що аж до 1917 року храм носив дві назви. Для «внутрішнього користування» католики використовували ім'я «Храм Богородиці Цариці Вервиці», однак, оскільки молитва розарію і свято Діви Марії - Цариці Вервиці відсутні в православній традиції, для полегшення взаємодії з чиновниками використовувалося інша назва - «Храм Покрова Богородиці». Ці два імені використовуються по відношенню до храму до сих пір.
До початку XX століття Томська прихід став одним з найбільших в Сибіру, число прихожан перевищувало 15 тисяч, національний склад прихожан також сильно інтернаціоналізувався. У 1902 році в церкві був змонтований новий орган.
Після революції храм деякий час функціонував, проте в 1938 році був закритий і «переданий на потреби народної користі». Надалі в будівлі розміщувалися стайня НКВД і склад планерного клубу. Після тривалої реставрації в 1979 році в будівлі розмістився міський планетарій. На щастя, на відміну від багатьох католицьких храмів Росії, Томська храм хоча і використовувався не за призначенням, але не був серйозним чином перебудований.
Архітектура і внутрішнє оздоблення Правити
Архітектура храму витримана в стилістиці пізнього венеціанського класицизму XVII -XVIII століть. Спочатку будівля була в плані прямокутник, проте після перебудови в 80-х роках XIX століття з двох боків до нього були приєднані нові приміщення, змінили форму будівлі на хрестоподібну. Такий Томська парафіяльна церква залишається до сих пір.