Вищим органом управління більшості НПФ є Рада фонду. Він формується виключно засновниками; вкладники та учасники не беруть участі в цій процедурі. До компетенції Ради статути фондів зазвичай відносять:
· Вирішення стратегічних питань діяльності фонду;
· Затвердження та зміна найважливіших документів (статуту, правил Фонду);
· Визначення інвестиційної політики;
· Затвердження річного звіту про роботу фонду, плану роботи на наступний рік, кошторису витрат;
· Призначення виконавчих органів фонду та формування Опікунської ради.
Оперативне управління діяльністю фонду зазвичай здійснює спеціально призначений виконавчий орган. Він може бути одноосібним (генеральний або виконавчий директор) і / або колегіальним (дирекція, правління). У його компетенцію входить:
· Організація поточної роботи фонду;
· Укладання договорів з клієнтами;
· Підбір співробітників і оформлення відносин з ними;
· Укладання договорів на управління активами і контроль над діяльністю керуючих;
· Нарахування пенсій і організація їх виплат.
Виконавчий орган формується Радою і підзвітний йому, однак ступінь наданої виконавчому органу свободи може бути досить великою (залежить від активності роботи Ради).
У деяких фондах створюються ревізійні комісії. Основи їх діяльності зазвичай прописуються в статутах фондів. Фактично ж для засновників ревізійні комісії - це інструмент контролю над виконавчим органом фонду.
Нагляд над діяльністю фонду здійснює Опікунська рада. Він може включати представників підприємств і організацій - вкладників фонду, представників профспілок, рядових учасників або шанованих людей з боку. Як правило, фонди не встановлюють квот представництва тих чи інших груп в опікунській раді.
Діяльність Опікунської ради може полягати в:
· Попередньому затвердження річного звіту;
· Попереднє погодження найважливіших рішень фонду;
Забезпечення гарантій збереження і сталого приросту пенсійних накопичень в будь-якій країні є необхідною умовою для існування і подальшого розвитку недержавних пенсійних фондів. Це, перш за все жорсткий контроль з боку держави.
Всі фонди в обов'язковому порядку надають річну, квартальну і місячну звітність про свою діяльність в ФСФР Росії.
Дотримання встановлених нормативів розміщення резервів крім ФСФР Росії в щоденному режимі контролює спеціалізований депозитарій, який має ліцензії на здійснення депозитарної діяльності та ліцензію на здійснення діяльності спеціалізованого депозитарію інвестиційних фондів, пайових інвестиційних фондів і недержавних пенсійних фондів.
Кожен НПФ зобов'язаний формувати внутрішній страховий резерв, який використовується для поповнення резервів покриття пенсійних зобов'язань в разі нестачі останніх і не може бути менше 5% від розміру коштів пенсійного резерву.
Відповідно до чинного законодавства в кожному НПФ здійснюється зовнішній аудит і незалежне актуарне оцінювання. Аудиторський висновок та актуарний баланс надається в ФСФР Росії. Річний звіт і бухгалтерський баланс НПФ в обов'язковому порядку публікуються у відкритій пресі. Підсумки роботи кожного фонду за рік перевіряє Ревізійна комісія, розглядає і затверджує Рада фонду.