При сильному розвитку грибних хвороб, ураженні стовбурів і гілок дерева слабшають і часто не здатні протистояти іншим впливам (морозам, опіків, різних інфекцій) і нерідко передчасно гинуть.
Найбільш небезпечним є збудник чорного раку, який вражає штамби, скелетні гілки, квіти, листя і плоди. При цьому квіти засихають, на листках з'являються концентричні кола з спороношенням гриба, плоди загнивають. При захворюванні звичайним раком яблуні кора штамба, стовбура, гілок першого порядку, розвилки, зрідка поверхню плодів темніють, розвиваються вдавленості, розтріскування і утворюються виразки.
До загибелі дерев нерідко призводить цитоспороз, що викликає загнивання стовбурів і великих гілок. На уражених частинах утворюються невеликі, близько 1,5 мм в діаметрі подушкоподібні чорнуваті горбки.
До великих втрат урожаю кісточкових (вишня, слива) призводить всихання, яке є наслідком ураження цитоспорозом і вертіціллезом. Збудник Цитоспороз проникає через механічні пошкодження кори, спостерігається рясне виділення камеді, яка швидко підсихає на повітрі.
Боротьба з розглянутими захворюваннями носить профілактичний характер і включає своєчасне внесення органічних і мінеральних добрив, вирізку уражених гілок, використання міжрядь під сумішшю газонних трав або під такими зеленими культурами, як цибуля, петрушка, кріп. Вирізану хвору кору і постраждалі гілки обов'язково спалюють. Місця зрізу дезінфікують і замазують садовим варом. Якщо уражено все дерево, його слід викорчувати. Опале листя восени слід ретельно збирати і спалювати.
Вар садовий (садові замазка, паста) сприяє загоєнню ран. Його наносять дерев'яною лопаткою тонким шаром на свіжий зріз дерева або пошкоджену ділянку крони. У магазинах є в продажу і вар-стрічка, також призначеної для загоєння ран. Стрічка може використовуватися в якості обв'язувального матеріалу при щепленнях і окулірування (для поліпшення зрощення і освіти здорового каллюса) на плодових, ягідних і декоративних культурах.
Практика показує, що вилікувати сильно пошкоджені дорослі дерева майже неможливо. Зазвичай вдається лише призупинити відмирання кори і відтягнути термін передчасної їх загибелі. Тому догляд за штамба слід починати з перших років після закладки саду. Тільки це допоможе зберегти плодові дерева в хорошому стані і отримати високі врожаї.
Обрізка є найбільш доцільним способом боротьби зі стовбуровими шкідниками У індивідуальних садах.
Дуже часто садівники для цієї мети використовують різні обмазки на основі мінеральних і тваринних жирів. Хотілося б їх попередити, що не всі вони нешкідливі і можуть викликати пошкодження кори. Негативно позначається на деревах зафарбовування ран олійними фарбами, хоча пошкоджені місця і не заселяються паразитичними грибами, однак і заживають дуже повільно.
Позитивні результати дає обробка ран і зрізів 10% нитрафеном. Він вбиває збудників хвороб і в той же час має здатність активізувати освіту каллюса, прискорюючи тим самим загоєння ран.
Проводити цю роботу краще навесні, так як рани, залічені восени, заростають значно гірше. Деякі садівники використовують для лікування ран щавель.
Часто у дерев вишні і сливи як реакція на пошкодження виділяється клейка маса - камедь. Її також доцільно видалити, а на очищене місце нанести розтертий щавель або накласти «компрес».
Для захисту плодових рослин від сонячних опіків проводять осінню побілку дерев вапняним молоком. Для побілки потрібно вибирати дні з плюсовою температурою, без опадів, щоб вапно або спеціальні фарби могли підсохнути.
Перед побілкою стовбури і основні гілки необхідно очистити від відмерлої кори для того, щоб знищити зимуючих в щілинах і складках кори гусениць яблуневої плодожерки, грушевих листоблошек, клопів, жуків яблуневого квіткоїда та інших шкідників.
Для побілки дерев садівники-любителі широко використовують вапно.
Зараз науковими установами розроблена спеціальна захисна фарба ВД-КЧ-577. Вона утворює на поверхні кори атмосферостійке повітронепроникне біле покриття з високою відбивною здатністю. Крім того, вона охороняє дерева від пошкоджень гризунами і зайцями.
Прихований спосіб життя личинок комах, що розвиваються під корою і в деревині плодових дерев, дозволяє їм на перших порах своєї появи вислизати від уваги садівників. Їх виявляють, як правило, після того, як вони завдають серйозної шкоди. У деревині плодових зустрічаються і комахи, які заселяють вже всихають і загиблі дерева.
Основу загальної профілактики зараження саду стовбуровими шкідниками складають підтримку дерев в хорошому стані, ретельний догляд за кроною і штамба плодових, контроль фітосанітарного стану плодових і прилеглих до садам насаджень.
Захист від мишоподібних гризунів, в зимовий та ранньовесняний періоди плодові дерева можуть пошкоджуватися гризунами - водяними щурами, які перегризають коріння у самого штамба, а також, полівки і лісовими мишами, об'їдають кору штамбів гілок в межах снігового покриву. Взимку значної шкоди плодовим садам завдають зайці. Найбільше від них страждають молоді яблуні, у яких тварини об'їдають кору і пагони.
Основні роботи по боротьбі з гризунами проводяться пізньою осінню. Щоб не допустити пошкоджень молодих (до 10- 15 років) дерев їх обмотують рогожею, джгутами з газет або ганчірок, а потім щільно обв'язують толем і закріплюють шпагатом. Одним толем користуватися не можна, так як при перегріві його сонячними променями пошкоджується кора. Не можна використовувати солому, клоччя, поліетиленові і поліхлорвінілові плівки. Можна захищати дерева ялиновими гілками (лапником), поклавши їх голками вниз і щільно обв'язавши стовбури, а також очеретом, полином, стеблами соняшнику, отплодоносивших дворічними пагонами малини. Взимку сніг навколо стовбурів треба періодично отаптивают. Роблять це під час відлиг і повторюють після кожного снігопаду.
Крім того часто застосовують вилов гризунів пастками і капканами. В цьому випадку приманка для наживлення повинна бути доброякісною. Деякі садівники рекомендують в якості приманки суміш рівних частин цукрового піску, борошна і алебастру або подрібненого м'якушки чорного хліба з алебастром або цементом.
При знищенні гризунів ефективне використання отруєних харчових приманок. Для виготовлення їх застосовують отрутохімікати. Про їх приготуванні і розкладці слід домовитися з найближчою санітарно-епідеміологічною станцією або районної станцією захисту рослин від шкідників і хвороб.