Друга республіка і Друга світова війна: 1938-1945.
В кінці 1943, коли на радянсько-німецькому фронті почалося велике наступ Червоної Армії, Чехословаччина підписала угоду з СРСР строком на 20 років. Воно підтверджувала угоду 1 935 про взаємодопомогу в разі агресії з боку Німеччини. Сторони також брали на себе зобов'язання поважати незалежність і не втручатися у внутрішні справи один одного.
Третя республіка: 1945-1948.
Межі довоєнної Чехословаччини були відновлені і навіть дещо розширені за рахунок Угорщини, але Закарпатську Україну довелося поступитися Радянському Союзу. Проблема німецької меншини була вирішена шляхом масового виселення судетських німців. Відбувся обмін населенням між Словаччиною та Угорщиною.
У Чехословаччині за прикладом Радянського Союзу проводилися чистки і показові судові процеси. Масарик і Бенеш викривалися як «лакеї західного імперіалізму». Широкомасштабна чистка КПЧ (1950-1952) досягла кульмінації, коли був засуджений і страчений генеральний секретар КПЧ Рудольф Сланський.
Викриття культу Сталіна було продовжено в 1962-1963. Комуністи, які зазнали репресій в сталінську епоху, наприклад Володимир Клементис і Рудольф Сланський, були посмертно реабілітовані, прем'єр-міністр Широкий зміщений, його пост зайняв Йозеф Ленарт. Для ліквідації «бюрократичних методів» в КПЧ були створені чотири спеціальні комісії. Були нормалізовані відносини з Католицькою церквою і Ватиканом, Йозефа Беран, архієпископ Праги, і кілька інших священиків були звільнені з-під арешту.