Метою лікування гострого або хронічного пієлонефриту є усунення запального процесу. При призначенні антибіотика важливо визначити тип збудника захворювання, тому самостійно приймати подібні препарати неприпустимо. Для лікування пієлонефриту можуть призначити пеніциліни ( «Ампіцилін», «Амоксицилін» та ін), які ефективні у відношенні до ентерококи, протея, кишкової палички. Однак ця група антибіотиків має серйозний недолік - препарати можуть втратити свої лікарські властивості під дією ферментів, що виробляються окремими бактеріями. Подібні ліки в основному призначають для лікування пієлонефриту в період вагітності. Виняток становить модифікована форма антибіотика амоксициліну - «Флемоклав Солютаб». У його складі міститься клавулановая кислота, яка призводить до зниження пристосовності бактерій до препарату.
Найбільш часто при пієлонефриті призначають антибіотики цефалоспоринового групи, які поділяються на 4 покоління. До першого належать: «цефрадін», «Цефазолін», «Цефалексин». Вони проявляють активну дію проти грампозитивних мікроорганізмів, у тому числі стійких до пеніцилінів. Ці ліки не призначають при гострій формі захворювання. До препаратів другого покоління відноситься «цефоруксім», який застосовують тільки при терапії хронічних процесів. До лікарських засобів третього покоління відносять: «Цефиксим», «Цефтріаксон», «Цефтибутен». Вони ефективні в лікуванні складних форм пієлонефриту, надають активний вплив проти синьогнійної палички. Четверте покоління антибіотиків цієї групи, до яких належить «Цефепим», володіє усіма позитивними якостями попередників, а також направлено впливає проти грам позитивних та грам форм збудників.
Одними з найбільш сучасних препаратів є антибіотики-фторхінолони: «Ципрофлоксацин», «Пефлоксацин», «Офлоксацин». Ці ліки ефективні майже проти всіх збудників пієлонефриту і мають мінімальну нефротоксичністю. До препаратів-фторхинолонам другого покоління відносяться: «Моксифлоксацин», «Ломефлоксацин», «Спарфлоксацин», «Ципрофлоксацин», «Норфлоксацин». Антибіотики-фторхінолони протипоказані в періоди вагітності і лактації, а також дітям до 16 років. Антибіотики-аміноглікозиди ( «Гентамицин», «Тобраміцин», «Амікацин») повинні застосовуватися строго за призначенням лікаря, оскільки вони надають потужну антибактеріальну дію і мають високу нефротоксичність. Ці препарати протипоказані людям похилого.