У 1635 р (1-а пол. XVII ст.) В західній Монголії виникла держава джунгар. З цього часу джунгари загрожують казахам.
Засновник Джунгарского ханства - хунтайджі Батура, який в своєму правлінні спирався на жайсанов і Ноян (нойони - вожді монгольських племен).
Джунгар вигідно відрізняло від казахів наявність артилерії, тоді як у казахів були луки, списи, шаблі, ґнотові рушниці.
Вторгнення джунгар спонукало 3 Жуза об'єднатися і штовхало Казахське ханство до зближення з Росією. Натхненники боротьби з джунгарами стали біі: Толі, Казибек, Айтеке.
У 1-й чверті XVIII в. великий вплив на міжнародні відносини в Центральній Азії зробило Джунгаро-казахське протиборство.
Після смерті Тауке в 1718 р посилилося дію відцентрових сил. Його спадкоємець Каіп не володів якостями, необхідними для державного діяча. У кожному Жузе з'явилися свої хани:
· Старший Жуз - Болат хан.
· Середній Жуз - Семек хан.
· Молодший Жуз - Абулхаир хан.
Зовнішнє політичне становище Казахського ханства характеризувалося нестабільністю:
1. на півночі погрожували сибірські козаки;
2. на півдні - середньоазіатські ханства;
3. на заході - башкири;
4. на сході - джунгари.
Про цієї складної історичної епохи в нач. XVIII ст. Ш. Уаліханов писав: «джунгари, волзькі калмики, яицкие козаки, башкири з різних сторін громили улуси казахів, відганяли худобу і забирали в полон цілі сімейства».
В результаті неузгодженості дій Абулхаїр і Каіпе в 3-хдневной битві у Аягуз в 1718 р казахи були розбиті.
На рубежі XVII-XVIII ст. при Цеван Рабданов, набіги джунгар стали регулярними. Їх стратегічна мета - підпорядкування Казахстану. Смерть Богдо-хана цинов (Китай - це грізний сусід джунгар на сході), що воював з Джунгарії, дозволило хунтайджі Цеван Рабданов обрушитися на казахів. Він виявляв особливу жорсткість.
Джунгарське навала було однією з причин згасання міст півдня Казахстану на рубежі XVII-XVIII ст. а заводи і фортеці Алтаю від джунгар в цей період врятувало тільки те, що їх оголосили власністю династії Романових.
1728 г. - Булантінская битва. На р. Буланти в місцевості Кара-Сіир, що отримало назву «калмаки кирилган» - «Місце загибелі калмиків». Це перша велика перемога казахів, після чого казахи згуртувалися проти ворога. Головнокомандувачем в 1720-і рр. був Абулхаир - він зіграв важливу роль в боротьбі проти ойрат, очолюючи об'єднані сили 3-х жузов.
1729 г. - Аниракайская битва. У місцевості Аниракай, на півдні оз. Балхаш. «Місце стогонів і ридань ворога». Джунгари відступили на схід, але боротьба за владу між чингізідами привела до того, що казахи не скористалися успіхом.
У 1720-і рр. в районі гір Ордабаси скупчилися сили казахів по жузов ознакою, тому що тут було зручніше вийти на кордон з Джунгарії.
Батири - герої боротьби з джунгарами:
· Богенбай - рід Канжігали.
· Кабанбай - рід Каракерей.
· Раімбек - рід Албан. Переміг джунгар у Ойра-Тобе і був похований в Алматі.
У 1731 р джунгари напали на Казахстан, але були розбиті. Лідери Середнього Жуза розуміли, що головна сила, здатна зупинити джунгар - це визвольна боротьба казахського народу.
Новий похід Галдан Церена в 1741-1742 рр. ускладнив становище казахів. В історію ці роки увійшли як другі «Роки великого лиха» або «Актабан шубиринди».
У 1742 р Сенат Росії прийняв указ «Про заходи щодо захисту казахського населення і оборони фортець на іртишських лінії», а начальник Оренбурзької комісії Неплюєв направив лист Галдан Церенов про неприпустимість втручання в справи казахів, які перебувають під російським підданство. Під виглядом захисту казахів Росія спорудила 31 форпост в верхньому Прііртишье. У відповідь Галдан Церен зажадав прибрати фортеці в верхньому Прііртишье. І лише смерть Галдан Церена в 1745 р і міжусобиці в Джунгарії відвели на час від Казахстану загрозу.
У 1750 р відбулася битва у Аяка, в результаті уклали договір про ненапад між джунгарами і Казахським ханством.
У 1755 р почалося повстання башкирів проти колоніальної політики Росії. 50 тис. Башкирів перекочували в межі Молодшого Жуза. Оренбурзький губернатор Неплюєв дозволив всі дії щодо башкир. Місцеве населення з розумінням сприйняло звернення Батирші (ватажок башкир).
У 1756 р в Казахстан вторглася армія Китаю. Знову нависла небезпека над гірничодобувним підприємствам Алтаю. Відсіч організував султан Аблай. Використовую степ, казахські батири раптово нападали.
У 1756-1758 рр. Китай розгромив Джунгарию. У 1761 р Джунгария припинила своє існування і була перетворена в Цинское намісництво - Синь Сцзянь (Нова межа).
У 1760 р Цини зажадали від казахів покинути Тарбагатай.
Негативні наслідки навали джунгар:
· Ослабли господарські та культурні зв'язки жузов;
· Зруйновані міста і історичні пам'ятники.