Достовірних відомостей на це питання досі немає. Частина вчених дотримується думки, що він був тюркізірованних арійцем, родом з Кашгарии. Інші ж історики схиляються до думки, що він був монголом.
Підтвердженням тому, що він був тюркського походження, є той факт, що листування з західними королями Чингисханом велася на юрському мовою, а не на монгольському. Є також чінгізітов камінь, на якому зберігся напис часів великого завойовника написана також на тюркському. З цих відомостей вчені роблять висновок, що писав і говорив Чингисхан на тюркському, отже, був тюрком. Діти Чингісхана також були названі на тюркський манер: Тулі, Джучі, Чагатай, Укітай.
Інші історики сходяться на думці, що до племені татар він не належав. На відміну від монголів, татари, а також їх сучасні нащадки буряти, калмики, які стосуються тюрків, були його найлютішими ворогами. Коли Чингисхану було дев'ять років, татари отруїли його батька.
Приводом сумніватися в його монгольське походження є опис його зовнішності: сіро - зелені очі, руде волосся. Такі особливості зовнішності невластиві монголам, і дуже відрізняли його від одноплемінників.
Вчені не відкидають також версію про те, що Чингісхан має казахські коріння. За наявними даними народився Чингисхан (Теміршін - похідне ім'я від "темірші" - "коваль") народився в 1155 році на території сучасної Монголії в роду Кіят (назва казахського роду). У перекладі з казахського, його ім'я звучить як Шингисхан, і означає: "Шин" - найвищий пік в горах, "гис" - промінь. Повне ім'я перекладається як "високий променистий хан". Відомо також, що мати Чингісхана також була з казахського роду.
Своє нове ім'я "Чингісхан" (або хан Сходу) отримавши 1206 році під час загальних зборів правителів міст. З огляду на те, що в цих зборах брали участь такі пологи, як: Аргин, Кіят, Жалаіра, мірки, казахи, і виникла думка, що Чингісхан відноситься до Казахам. Всі вищеописані племена відносяться до казахським, монгольського походження. Монголи ж, в той час на території де народився Чингисхан, не проживали.
В якості підтвердження того, що Чингісхан ні монголом, є те, що у монголів глава держави ніколи не носив титул хан (у них схожий титул називається контайші). А титул хан, був у тюркських правителів.
Дуже цікавою видається версія про те, то Чингісхан був китайцем. У Китаї навіть був споруджений мавзолей Чингисхану, а також його включили в список почесних імператорів Китаю. Офіційних доказів, що він має китайське походження, немає.
Він був єврей з Левітів. Справжнє ім'я Чингіз Хаїм га Коен.
А найцікавіша версія, яка стверджує, що Чингізхана просто не було і він вигадка т.зв. «Істориків».