Одним з найважливіших критеріїв класифікації музеїв є профіль музею, тобто спеціалізація. Спеціалізація музею визначається його зв'язком з конкретною тематикою: наукою, мистецтвом, технікою, виробництвом, організацією, подією в історії, музеї комплексного профілю, музеї-ансамблі, меморіальні музеї, музеї певного місця (республіканські, крайові, районні, обласні).
У кожного профілю музею, свій фонд інформації та експонатів. Музеї однієї спеціалізації об'єднуються в профільні групи: природно-наукові музеї, історичні музеї, краєзнавчі музеї, художні музеї, архітектурні музеї, літературні музеї, театральні музеї, музичні музеї, музеї науки і техніки, промислові музеї, сільськогосподарські музеї, педагогічні музеї. Потім профільні групи діляться на більш вузькі.
Так само музеї поділяються за типами. Наприклад по типу громадського призначення музею.
Всі типи музеїв перетинаються між собою, тобто науково-дослідний музей може бути і навчальним і інтерактивним музеєм в одному. Немає суворої класифікації за типами громадського призначення.
Ще музеї поділяються на музеї колекційного типу і музеї ансамблевого типу.
Музеї колекційного типу - традиційне зібрання письмовий, образотворчих, речових матеріалів відповідають профілю музею.
Музеї ансамблевого типу - пам'ятники архітектури, скульптури, інтер'єри, прилеглі території, природне середовище. Зазвичай такі музеї називають - музей-квартира, музей під відкритим небом, музей-майстерня, палац-музей, будинок-музей, музей-заповідник (Екомузей).