Як зазначалося вище, РЕМ є складною системою. Вона може бути розглянута як ієрархічна сукупність підсистем різного рівня, цілеспрямовано функціонуючих, взаємодіючих між собою і підсистемами верхнього рівня.
У структурі РЕМ можна виділити наступні підсистеми:
Виділені підсистеми також є складними і, в свою чергу, можуть бути ієрархічно структуровані з виділенням підсистем другого рівня декомпозиції.
У виробничо-економічному комплексі регіону прийнято виділяти:
а) галузі виробничої сфери (матеріальне і нематеріальне виробництва);
б) виробничу інфраструктуру, що представляє собою сукупність систем життєзабезпечення господарського комплексу та забезпечує обмін результатами діяльності галузей господарського комплексу;
в) сферу природних ресурсів (земельних, копалин, водних, лісових та інших).
в) сфера неприродних ресурсів, які створюються в результаті цілеспрямованої діяльності людини (трудові, інтелектуальні, інформаційні та інші ресурси).
У бюджетно-фінансовій системі виділяються наступні підсистеми:
Підсистеми другого рівня декомпозиції, в свою чергу, також є складними, і можуть бути ієрархічно структуровані. Наприклад, в виробничо-економічному комплексі регіону можуть бути виділені промисловість, агропромисловий комплекс, будівництво та інші галузі. На цьому декомпозиція регіональної економічної системи може бути продовжена. Наприклад, в промисловості виділяються окремі галузі - машинобудування, легка промисловість, енергетика та інші; в складі кожної галузі можуть бути виділені окремі підгалузі, в складі підгалузей - окремі підприємства і так далі.
Принципова графічна модель комплексної структури регіональної економічної системи як об'єкта управління представлена на малюнку 3.
Малюнок 3. Графічна модель комплексної структури регіональної економічної системи як об'єкта управління
Відповідно, повинні бути вироблені: організаційні структури управління кожної підсистемою РЕМ, цілі, функції та завдання.