Положення лишайників в системі живої природи залишається спірним і донині. Деякі біологи зараховують лишайники до царства грибів, але найчастіше їх називають нижчими рослинами. Тобто лишайники віддалено близькі водоростям. К.А. Тімірязєв справедливо назвав ці істоти рослинами-сфінксами. І дійсно вони займають проміжне положення між царствами рослин і грибів, оскільки є подвійними організмами.
Лишайники - походження, еволюція і екологія

Симбіотичні відносини образно називають дружбою, і це вірно. Симбіоз є дружбою в світі живих істот. Саме так, наприклад, рак-відлюдник дружить з актинией. Але якщо рак відлюдник здатний прожити без актинії, то гриб-мікобіонта гине без своєї співмешканки-водорості. Міцний союз створює абсолютно нова істота, в якому гриб і рослина є залежними один від одного органами.
Обидві частини лишайника злагоджено працюють, причому штучно отримати таку пару так само складно, як трансплантувати людині чужу нирку.
За формою, будовою і способу життя лишайники вигідно відрізняються і від грибів, і від водоростей. Деякі біологи вважають, що до складу симбіозу входять деякі бактерії (ціанобактерії), втратили свою самостійність.

Вчені як би за допомогою машини часу »спостерігали в прискореному в мільярд разів ритмі протікання ранньої еволюції лишайників. Близько 2,6 млрд років тому десь на узбережжі нинішньої Південної Африки ціанобактерії і примітивні зелені водорості завдяки накопиченню в атмосфері кисню і появи озонового екрану вийшли з морських вод і оселилися на суші. Мікроорганізми освоїли товщу грунту на всіх континентах, поступово перетворивши її в ґрунтовий шар.
Приблизно 350 млн років тому на цих грунтах почали активно рости густі папоротеві і хвощевие лісу, в яких, мабуть, з'явилися предки перших грибів. У тріасовому періоді, 220 млн років тому одночасно з динозаврами на планеті з'явилися справжні гриби, які брали участь в руйнуванні органіки і повернення мікроелементів в біосферу. Багато гриби вели паразитичний спосіб життя, зруйновані не відмирає органіку, але тканини живих рослин. У тому числі такі гриби паразитували на водоростях.
Спочатку водорості гинули, але це призводило до загибелі і самого паразита. За »цього почав діяти природний відбір, який сприяє виживанню тих грибів, які не пригнічують своїх водоростей. Поступово в подібних симбіоз обидва компонента стали залежати один від одного. Так 100 млн років тому на планеті з'явилися перші справжні лишайники, розширили межі біосфери тим, що заселили необжиті території і підготували там грунт для широкого поширення дерев і особливо трав'янистих рослин.

Лишайники займають в природі кілька екологічних ніш. За цим принципом рослини поділяють на епілітноє, епіфітні, епіксільних, надгрунтові і водні. Епіліти дуже численні, це рослини, які ростуть на голих каменях і скелях. Сюди відносяться з накипних лишайників представники пологів аспіцілія, леканора, лецідея, різокарпон; з листоватих - дерматокарпон, колега, пармелия, фісція. Епіфіти обживають гілки і стовбури дерев і чагарники. До епіфітам належать накипні лишайники Графіс, леканора, псора; лістоватие - колега, лептогіум, пармелия, фісція; кущисті-кладония і уснея.
Епіксіли порівняно нечисленні, до них належать рослини, які інфікують мертву, гнилу деревину, а також старі дерев'яні споруди. Серед накипних епіксілов відомі рослини з родів леканора і псора; серед листоватих - пармелия і фісція; серед рунистих - кладония і уснея. Надгрунтові лишайники, які інфікують також моховий «килим», відносяться до пологів лецідея (накипні), пельтігера, солоріна, пармелия • (лістоватие), аспіцілія, кладония, уснея (кущисті). Власне водним лишайником є лише американська ГІДРОТУЮЧИЙ жілковатая.
Всі інші лишайники пристосувалися витримувати затоплення, але не переселяються в воду остаточно. Це дерматокарпон річковий, лецідея білувато-блакитнувата, різокарпон темний.