Борман вкрай негативно ставився до християнства і тому в 1936 році офіційно вийшов з церкви. У 1937 році заборонив прийняття в НСДАП «людей духовного звання». У 1938 році видав циркуляр, в якому говорилося, що «світогляд націонал соціалістів і є істинна віра». Один з натхненників програми евтаназії, здійснення якої було доручено Особистої канцелярії фюрера, під керівництвом Філіпа Боулера. Після перельоту Рудольфа Гесса 10 травня 1941 року в Великобританії став абсолютно необхідним для Гітлера. проте не отримав усіх посад свого начальника. 12 травня 1941 роки очолив Партійну канцелярію (створену з Штабу заступника фюрера) в ранзі старшого чиновника, а 13 травня став секретарем фюрера. З 29 травня - імперський міністр без портфеля і член Ради оборони рейху.
- Пристрій особистих справ фюрера;
- Участь у всіх переговорах фюрера;
- Доповіді про поточні події фюреру;
- Передача рішень і думок фюрера імперським міністрам;
- Залагодження суперечок і визначення компетенції тих чи інших міністерств і відомств;
- Перебудову міста Лінца;
- Спостереження за резиденціями Гітлера;
- Керівництво групою стенографістів при обговоренні воєнного стану.
Тіло Бормана спочатку не було виявлено, і факт його смерті не підтверджений. Тому його довго вважали сховався, і в 1945 році він був заочно притягнутий як головного військового злочинця до суду Міжнародного військового трибуналу в Нюрнберзі.
Проте, ці свідчення не були визнані достатніми свідченнями загибелі Бормана. У 1946 році Міжнародний військовий трибунал в Нюрнберзі судив Бормана заочно і засудив його до смертної кари. Адвокати наполягали на тому, що їх підзахисний не підлягає суду, оскільки вже мертвий. Суд не вважав за доводи переконливими, розглянув справу і виніс вирок. обумовивши при цьому, що Борман в разі затримання має право подати прохання про помилування у встановлені терміни.
Протягом десятиліть висловлювалося кілька версій подальшої долі Бормана:
- покінчив життя самогубством - офіційна версія;
- був завербований в англійську розвідку, до 1956 року жив в Англії. потім був переправлений в Парагвай. де помер в 1959 році (інші джерела стверджують, що він жив в Англії до 1989 року);
- був завербований радянською розвідкою;
- був завербований американською розвідкою і працював на ЦРУ.