Морзе народився в багатій американській сім'ї. Батько його був відомим географом і священиком. Юнак відзначався великою допитливістю і непосидючістю. З Академії Філіпса, де Самуель зарекомендував себе ексцентричним студентом, батько перевів його в Єльський коледж. Морзе ставився до науки байдуже, хоча його приваблювали лекції з електрики. До біді суворих батьків, він також любив малювати мініатюрні портрети знайомих. Після закінчення коледжу, Морзе став клерком в Бостоні. Але живопис так захопила його, що в 1811 році батьки, хоча і виступали проти цього захоплення сина, все ж послали його в Англію, вивчати мистецтво.
Під час війни 1812 року між Великобританією і Сполученими Штатами, що підтримують Наполеона, Морзе показав себе запеклим патріотом. Однак, в 1813 році. коли Морзе представив в Лондонську королівську академію мистецтв картину: «Вмираючий Геркулес», він удостоївся золотої медалі.
Після повернення додому в 1815 році. Морзе виявив, що американці вважають його англійським художником і мало цікавляться живописом. Тому він жив убоге існування, малюючи портрети. Десять років йому довелося вести життя мандрівного живописця. Морзе був дуже товариський і привабливий, його з полюванням брали в будинках інтелектуалів, багатіїв і політиків. Крім того, він володів рідкісним даром заводити знайомства. Серед його друзів були великий політик Лафайет. романіст Купер і, навіть, президент США Лінкольн. У стрімко зростаючому Нью-Йорку він створив кілька найцікавіших портретів, коли-небудь виконаних американськими художниками. У 1825 році Морзе заснував в Нью-Йорку суспільство живописців (National Academie of Sesing), яка обрала його президентом і відправило в 1829 році в Європу для вивчення пристрою малювальних шкіл і видатних творів живопису.
Під час другої подорожі до Європи Морзе познайомився з Дагером і зацікавився новітніми відкриттями в області електрики. Його надихнула на винахід телеграфу випадкова розмова при поверненні з Європи на пароплаві в 1832 році. Якийсь пасажир в ході бесіди про недавно винайденому електромагніт сказав: «Якщо електричний струм можна зробити видимим на обох кінцях дроти, то я не бачу ніяких причин, чому повідомлення не можуть бути їм передані». Хоча ідея електричного телеграфу висувалася і до Морзе, він вважав, що був першим.
Морзе присвячував майже весь свій час живопису, викладання в університеті Нью-Йорка і політиці. У 1835 році Морзе став професором нарисної мистецтв. Але, після того, як в університеті в 1836 році йому показали опис моделі телеграфу, запропонованої Вебером в 1833, він повністю віддав себе винахідництва.
Газети, залізні дороги і банки швидко знайшли застосування його телеграфу. Телеграфні лінії моментально обплели весь світ, стан і слава Морзе розмножилися. У 1858 році від 10 європейських держав Морзе отримав за свій винахід 400 000 франків. Морзе купив маєток в Пончкіфі, поблизу Нью-Йорка, і провів там решту життя з великим сімейством серед дітей і онуків. У старості Морзе став філантропом. Він опікувався школи, університети, церкви, біблійні товариства, місіонерів і бідних художників.