В силу своїх біологічних особливостей зберігання моркви найбільш трудомістким у порівнянні з іншими коренеплодами. Центральне місце в процесах, що відбуваються в овочах при зберіганні, належить дихальному обміну. Інтенсивність дихання моркви при зберіганні залежить від температури, вологості повітря, вентиляції, газового складу атмосфери в сховище, періоду зберігання, ступеня зрілості сорти, хімічного складу, наявності пошкоджень і багатьох інших причин.
Сутність дихання зводиться до повільного окислення складних органічних речовин, які розпадаються на більш прості з виділенням енергії. При диханні поглинається кисень і виділяється вуглекислий газ. Одночасно відбувається аеробний (при доступі повітря) і анаеробний процеси дихання, на які витрачаються в основному містяться цукру.
При аеробному диханні грам-молекула цукру дає 674 ккал. В анаеробних умовах настає інтрамолекулярних дихання з наповненням недоокислених продуктів (етиловий спирт, оцтовий альдегід, оцтова і молочна кислоти). При цьому виділяється лише 25 ккал тепла.
Правильними умовами зберігання моркви є такі, при яких знижується інтенсивність біохімічних процесів обміну речовин до мінімального рівня, не викликаючи фізіологічних розладів. При зберіганні моркви в сховищах з контрольованою атмосферою вмісту СО2 має бути 0 - 1%, О2 - 2% з відносною вологістю 90 - 95%.
Для зручності та економії місця доцільно закласти морква в ящики (контейнери) ємністю до 20 кг. Ящики (контейнери) краще робити з щільними стінками і кришками: тоді вуглекислий газ, що виділяється в результаті дихання коренеплодів, накопичується, і морква від цього рідше гниє. Ящики (контейнери) поміщають на підставки (15 - 20 сантиметрів над підлогою) і на деякій відстані від стін сховища.
Вимоги коренеплодів до температурного режиму настільки диференційовані, що вони не витримують навіть легкого подмораживания. Пошкоджені низькими температурами тканини після відтавання втрачають сік і легко пошкоджуються мікроорганізмами. У моркви встановлена здатність до зарубцованію неглибоких механічних пошкоджень, але вона значно слабкіше, ніж у картоплі і проявляється в основному відразу ж після збирання. Морква дуже вимоглива до відносної вологості повітря, тому запобігання в'янення - одне з основних умов їх збирання і зберігання. Так, морква при втраті тургору втрачає стійкість до поразки патогенними мікроорганізмами, особливо гнилями. Оптимальний режим зберігання моркви: температура 0, - 0,5 0 С, відносна вологість повітря 90-95%, але в залежності від способів зберігання температура може знижуватися до -1-2 0 С, ОВВ - підвищуватися до98%.
Знання фітопатологічного стану коренеплодів під час зберігання має важливе значення при прогнозуванні загальної картини лежкости моркви. Має широке поширення біла, сіра і чорна гнилі і фомоз (бура гниль). Саме ці хвороби призводять до значних втрат моркви при зберіганні.
Біла гниль проявляється на коренеплодах у вигляді рідких мокрих плям, які покриваються білим ватоподобним нальотом з великими чорними склероціями. Джерело інфекції - грунт, в якій на уражених рослинних рештках зберігаються склероції і грибниця. Біла гниль дуже шкідлива і може викликати масове мокре загнивання коренеплодів під час зберігання. Пошкоджує насінники, викликаючи їх загибель.
При ураженні збудником сірої гнилі коренеплід теж стає мокрим, м'яким, тканина набуває бурувате забарвлення, утворюючи численні дрібні склероції. Сіра гниль вражає, в основному, насінники моркви і коренеплоди, особливо при спільному зберіганні з капустою і селерою. На слабких коренеплодах утворюється сіруватий пушок з спороносітелямі збудника хвороби. Згодом на уражених коренеплодах з'являються склероції гриба чорного кольору, різної форми і розміру. Збудник зберігається в формі склероцій.
Чорна гниль проявляється на верхівці або збоку на коренеплодах, утворюючи сухі вдавлені плями, які в розрізі мають вугільно-чорне забарвлення, різко відділяючись від здорової тканини. Уражена цієї гниллю тканину коренеплоду стає сухою, трухлявих, з глибокими порожнинами, вистеленими білим тонким міцелієм.
Фомоз бура гниль моркви поширена в центральних і південних районах України. Хвороба проявляється у вигляді поздовжніх сірувато-коричневих смуг або довгастих плям на держаках і жилках листків. Рідше в плямах з'являються чорні конідії. На коренеплодах біля верхівки утворюється суха темна гниль. Під час зберігання коренеплодів ураження посилюється. Плями поглиблюються, всередині їх виявляється білий міцелій, а на поверхні - групи дрібних чорних пікнід. Розвитку хвороби та її поширенню сприяє надмірна вологість. У більшості випадків гриб зимує міцелієм і пікнідами з пікноспорами. Джерело інфекції - уражені коренеплоди, відібрані на насінники, рослинні залишки і заражені насіння.
Повний внесення калійно-фосфорних добрив позитивно впливає на тривалість зберігання моркви. Високі дози азотних добрив, а також велика кількість азоту, доступного для рослин в останній фазі перед збором, погіршують якість і період зберігання коренеплодів. Добре зберігається морква зріла, але не стара, коренеплоди якої досягли характерних для даного сорту розмірів і ваги. Це пов'язано з відповідним хімічним складом коренеплодів і біохімічними процесами в них.
Втрати при зберіганні можна знизити, дотримуючись таких умов:
1. Суворе дотримання технологій вирощування моркви.
2. Бережний збір врожаю, який не допускає пошкодження плодів.
3. Негайне охолодження врожаю після збору.
4. Виключення температурних коливань.
5. Дезінфекція сховища і контейнерів.