Першим етапом мікробіологічної діагностики інфекційних хвороб є вибір матеріалу для дослідження, обумовлений патогенезом захворювання. Розрізняють такі методи мікробіологічної діагностики бактеріальних інфекцій: бактериоскопический, бактеріологічний, біологічний, серологічний, алергічний. Бактеріоскопічний, бактеріологічний і біологічний методи спрямовані на виявлення
збудника в досліджуваному матеріалі. Бактеріоскопічний метод полягає в приготуванні мазка з досліджуваного матеріалу, забарвленням його (іноді вивчають збудника в живому стані) і мікроскопії. Даний метод знаходить обмежене застосування, так як може бути використаний лише за наявності будь-яких морфологічних або тинкторіальних особливостей у збудника і достатній вміст збудника в досліджуваному матеріалі.
природи токсину. Однак постановка мікробіологічного діагнозу інфекційного захворювання можлива не тільки за допомогою виділення та ідентифікації збудника, але і при виявленні специфічних антитіл до нього. Для цього використовують серологічний метод, який полягає в
постановці реакцій імунітету. Антитіла до збудника захворювання з'являються, як правило, до кінця 1-го тижня захворювання, з цього часу і використовують названий метод. У деяких випадках серологічний метод може бути спрямований на виявлення специфічного антигену безпосередньо в досліджуваному матеріалі. Зокрема, для експрес-діагностики інфекційного захворювання застосовують реакцію імунофлюоресценції, що дозволяє швидко (протягом декількох годин) виявити збудника в досліджуваному матеріалі. І, нарешті, алергічний метод спрямований на виявлення підвищеної чутливості організму до специфічного алергену, яким є збудник захворювання. Прикладом цього методу є постановка шкірно-алергічних проб. В основі методу лежить феномен гіперчутливості уповільненої тіпа.Пріменяют також молекулярно-генетичні методи діагностики: ПЛР, гібридизація ДНК і ін.