Twilight Princess HD щосили використовує переваги GamePad на Wii U. Рюкзак і карта виводяться на додатковий екран, так що ставити проходження на паузу заради копаній в інтерфейсі зовсім не обов'язково. Крім того, на дисплеї контролера можна грати, не використовуючи телевізор зовсім. По всьому Хайрул розробники розкидали десятки печаток Miiverse, створених за мотивами Twilight Princess. Доопрацьовано і сам ігровий процес: в HD-виданні з'явиться предмет Ліхтар примари, за допомогою якого стане простіше знайти душу По, а Лінку доведеться збирати куди менше Сліз світла - 12 замість 16.
Та найпомітніше нововведення - це героїчний режим, доступний з самого початку гри. У ньому немає сердець, які відновлюють здоров'я, а противники завдають в два рази більше шкоди. Світ дзеркально відіб'ється, через що підземелля потрібно проходити з кінця в початок. А якщо і цього мало, то до GamePad можна піднести amiibo-фігурку Ганондорфа, після чого Лінк почне отримувати аж в чотири рази більше пошкоджень від ворогів.