Відкриття інституту в значній мірі було пов'язано з видобутком і переробкою башкирської нафти, що спричинило за собою необхідність вивчення санітарно-гігієнічних умов праці та профілактики професійної захворюваності в цій галузі промисловості. На базі Уфімської профпатологічний клінічної лікарні (головний лікар Р.Ф. Габитова) і ліквідованого Магнітогорського науково-дослідного інституту гігієни праці та профзахворювань (директор Б.Д. Розумовський) був створений Уфимський науково-дослідний інститут гігієни та профзахворювань, а профпатологічний лікарня перетворена в відділ профпатології інституту. З перших днів свого існування інститут був орієнтований на гігієнічні проблеми в нафтовій і нафтопереробної промисловості, пізніше, разом із зростанням індустріалізації республіки, профільними галузями для інституту стали також нафтохімія, видобуток і переробка газу, будівництво та експлуатація магістральних трубопроводів.
Першим директором інституту гігієни та профзахворювань була Мухаметова Гайнуш Мінігайсовна - засновник профпатологічний школи в республіці, кавалер Ордена Леніна і двох орденів Трудового Червоного Прапора, відмінник охорони здоров'я СРСР і відмінник нафтопереробної і нафтохімічної промисловості СРСР, заслужений лікар БАССР, доктор медичних наук, професор, яка керувала інститутом протягом 22 років (з 1957 по 1979 рік).
Сьогодні це великий науково-дослідний і клінічний центр в області медицини праці та промислової екології, в якому успішно трудяться фахівці різних професій, лікарі-профпатологи, гігієністи, хіміки, біологи, токсикологи, інженери, лаборанти, середній і молодший медичний персонал та ін. В тому числі академік і член-кореспондент АН Республіки Башкортостан, 10 докторів і 35 кандидатів наук. На базі інституту підготовлено понад 30 докторських і 140 кандидатських дисертацій.