Біохімічне (мікробіологічне) вплив бактерій, грибків і інших мікроорганізмів на компоненти нафти набагато ширше і охоплює найрізноманітніші речовини в порівнянні з процесами випаровування та розчинення. Однак не існує якогось одного мікроорганізму, здатного зруйнувати все компоненти певного виду сирої нафти. Бактеріальне віз-дію характеризується високою селективністю, і повне розлив-ються всіх компонентів нафти вимагає впливу численний-них бактерій різних видів. При цьому утворюється ряд проме-жуточних продуктів, для руйнування яких потрібні свої організми. Парафінові вуглеводні найбільш легко розкладаючись-ються бактеріями. Отже, більш стійкі ціклопарафіновие і ароматичні вуглеводні зникають з водного середовища з набагато меншою швидкістю.
Нафтові вуглеводні схильні також процесам хі-чеського окислення і фотоокислення, але у водному середовищі ці процес-си вивчені мало.
Плівка нафти перешко-ствует так званої аерації, тобто процесу поглинутої-щення водою кисню з атмосфери. Окислення може сповільнитися в воді, збідненого киснем, в результаті більш раннього забруднення. В таких умовах бакте-риальное розкладання може мати негативні наслідки, так як зменшує кількість розчиненого кисню. Содер-жание кисню в поверхневих шарах води постійно попол-вується за рахунок контакту з атмосферою. Однак на глибині понад 10 м це поповнення відбувається дуже повільно.
При постоян-ном витраті кисню у водоймі, припинення аера-ції може виявитися згубним для живого світу водойми. Нафта і нафтопродукти відносяться до числа трудноокісляемимі мікроорганізмами речовин, по-цьому самоочищення водойм, забруднених нафтою, відбувається досить довго.