В даний час храм є пам'ятником архітектури і знаходиться у веденні Української Православної Церкви Московського патріархату.
Свято-Іллінська церква - можливо є першим православним храмом Київської Русі. Перші згадки про цю церкву зустрічаються ще до Хрещення Русі.
Згідно з переказами, церква Святого Іллі побудована київськими князями Аскольдом і Діром. Будучи язичниками, князі здійснили похід на Константинополь. Захищаючись від ворогів, городяни на чолі з імператором і патріархом звернулися з молитвою до Бога і опустили ризу Божої Матері в море. Далі літописець оповідає, що нізвідки взялася буря потопила кораблі русів. Побачивши таке чудо, князі Аскольд і Дір прийняли хрещення і повернувшись до Києва, було побудовано церкву Святого Іллі.
Існують припущення, що Хрещення киян в 988 році відбулося саме біля церкви святого Іллі, розташованої на березі річок Дніпра і Почайни. Це місце було найзручнішим для хрещення великої маси людей, адже після хрещення неофіта необхідно ввести до церкви. У церкві святого Іллі свого часу молилася і княгиня Ольга.
Про те, як виглядала церква спочатку, відомостей не збереглося. Припускають, що храм був дерев'яним.
У 1692 році на пожертви міщанина Петра Гудими, було побудовано кам'яну будівлю храму. Відомо, що протягом багатьох поколінь представники цієї родини були ктиторами цього храму. Храм того періоду був невеликим спорудою, якому притаманні лаконічність і чіткість форм, підкреслених стриманим зовнішнім декором.
У XIX столітті в веденні Іллінської церкви були всього 16 дворів. Кількість парафіян в той період було якихось 130-140 осіб. У 1887 році за ініціативою і на кошти старости храму Лазаря Черноярова замінили чавунну підлогу на теплий дерев'яний і провели парове опалення. У 1904 році був капітально відремонтований храмовий комплекс і написані нові ікони. У 1909 році Іллінський храм знову ремонтувався. Датою оновлення настінний живопис (43 способу), написаний дійшов до нашого часу образ Покрови Пресвятої Богородиці під хорами над центральним входом до храму.
При храмі працює недільна школа для дорослих і дітей. Богослужіння проходять в супроводі двох співочих колективів: хору студентів Київської духовної академії і молодіжного хору храму.
Ансамбль Іллінської церкви є одним з архітектурних акцентів в забудові набережної Дніпра і формує перший план силуету забудови Подолу. Будівлі навколо Іллінської церкви - дзвіниця, бурса, ворота і огорожа - складають єдиний архітектурний ансамбль.