В умовах сакралізувала товариств духовне життя людини цілком формувалася на основі тієї чи іншої релігії. І проблема совісті була виключно релігійною проблемою. Тому історично питання про свободу совісті сформувався як питання про право людини на вибір того чи іншого віросповідання, на основі якого він міг формувати свої моральні принципи. Таким чином, спочатку свобода совісті означала свободу віросповідання. Боротьбу за цю свободу протягом тривалого часу змушені були вести люди, що опинилися з тих чи інших причин під владою людей, державних структур, які нав'язують їм інше, чуже їм віросповідання. Таку боротьбу, наприклад, вели євреї, коли їх територія була підкорена римлянами. Християнство в Римській імперії на перших порах було заборонено. І християни, якщо вони не зрікалися своєї віри, піддавалися гонінням. Ранньохристиянські мислителі - апологети, відстоювали право для своїх прихильників сповідувати християнство нарівні з іншими релігіями.
Ідеологія епохи Відродження в якості одного зі своїх важливих принципів містила принцип віротерпимості. Практичне ж ставлення цих принципів почалося в епоху Реформації. У знаменитих 95 тезах М. Лютера вже міститься по суті принцип свободи совісті як свободи вибору віросповідання, безперешкодного поширення Священного писання, вільної проповіді, свободи релігійних спілок. Принцип свободи совісті отримав своє теоретичне обгрунтування і розвиток в роботах філософів Нового часу. Англійський філософ Джон Локк в своїх листах про віротерпимість висунув вимогу відділення церкви від держави. На його думку держава повинна надати людям право релігійного самовизначення, воно не повинно позбавляти своїх підданих цивільних і політичних прав в залежності від певної приналежності до релігії. Французький мислитель Ф. Вольтер в 1763 році проголосив, що свобода совісті є право, яке людина отримала від природи і ніхто не може примушувати його в питаннях віри. Кожному потрібно дозволити молитися на свій лад, кожен має право сповідувати ту чи іншу віру в злагоді лише зі своєю совістю. Ці ідеї отримали законодавче закріплення у французькій "Декларації прав людини і громадянина" (1794). покладений в основу законодавства французького держави епохи буржуазних революцій, а також в Конституції США (1787) і американському Біллі про права (1794).
Росія пізніше інших країн Європи пішла на визнання принципу свободи совісті віросповідання. В "Зводі законів Російської імперії" виданих в 1875 році, всі релігії на території країни ділилися на три групи: державна (православне сповідання). толерантні (католицька, протестантська, вірмено-григоріанська церкви, іслам, буддизм, іудаїзм, язичництво) і нетерпимі ( "секти" - духобори, молокани, іудействуючі, скопці, іконоборці). В "Уложенні про покарання" особливим видом державного злочину оголошувалося відволікання і спокушання з православ'я в іншу віру, перешкоджання вихованню дітей в православній або християнській вірі, поширення єресей і розколів. До винних у цих злочинах застосовувалася ціла система каральних заходів, аж до каторги і заслання до Сибіру. Внеісповедное стан державою взагалі не визнавалося. У 1894 році до числа заборонених релігій зараховані і так звані "штундисти" - російське найменування баптистів і євангельських християн. Їх віросповідання було оголошено шкідливим, а їх молитовні зібрання заборонені.
Декларація про свободу совісті в СРСР значною мірою залишалася декларацією. Її проголошували все конституції Радянського держави, а які приймались в доповненні до конституціям правові акти значною мірою обмежували реальні можливості релігійних організацій, містили численні заборони. Всупереч конституційним гарантіям, держава втручалася у внутрішні справи релігійних організацій, прагнуло відтіснити віруючих громадян на периферію суспільного життя. У реальній практиці існували великі обмеження на різні форми діяльності для віруючих людей, релігійних активістів. Для них практично була закрита можливість кар'єри в організаціях управління, в армії, в системі освіти, охорони здоров'я тощо Як відзначають історики-дослідники радянського періоду Російського товариства, в ідеології і практиці Радянської держави був реалізований так званий "державний атеїзм". Однак, даючи негативну оцінку практиці реалізації свободи совісті в СРСР, слід визнати позитивне значення тієї новому розумінні принципу свободи совісті, яка декларувалася в офіційних документах. Це трактування в подальшому отримала своє закріплення в ряді міжнародних документів і стала основою для визнання принципу свободи совісті в такому вигляді всією світовою спільнотою.
Принцип відділення релігійних об'єднань від держави передбачає невтручання держави, її органів і посадових осіб у питання, що визначають ставлення громадян до релігії, у внутрішню діяльність релігійних об'єднань, якщо ця діяльність не порушує вимог законів країни. Держава не повинна фінансувати діяльність релігійних організацій, так само як і діяльність по пропаганді інших переконань. У свою чергу, релігійні об'єднання не можуть втручатися в справи держави, не беруть участі у виборах його органів влади і управління, в діяльність політичних партій. Але служителі цих організацій мають право на участь у політичній діяльності нарівні з усіма громадянами.