Для посилення безпеки, при кожному запуску, програма випадковим чином генерує код користувача та пароль. Пароль за замовчуванням складається з чотирьох цифр, втім, це можна змінити в налаштуваннях програми
У разі якщо підключитися не виходить, програма виконає пошук ймовірних причин збою і запропонує варіанти вирішення. Наприклад, сеанс може бути заблокований антивірусом або брандмауером (firewall). Як правило, TeamViewer обходить обмеження встановлюються брандмауером. Тому, випадки, коли зв'язок з віддаленим комп'ютером встановити не вдається, зустрічаються дуже рідко.
TeamViewer шифрує весь переданий трафік. Застосовується схема обміну особистими / публічними ключами RSA. На додаток використовується метод шифрування, за допомогою стійкого алгоритму AES, з довжиною ключа 256 біт. Подібні стандарти використовуються в з'єднаннях HTTPS / SSL, що є на даний момент, найефективнішим методом захисту.
Для користувача, з комп'ютером якого встановлюється сеанс віддаленого з'єднання, надсилається повідомлення про підключення. Можна налаштувати програму таким чином, що всі дії адміністратора вимагатимуть підтвердження з боку партнера на керованому комп'ютері.
У TeamViewer можна з легкістю «помінятися ролями», просто в меню, вибравши необхідну команду, комп'ютер з керованого стане вже перевірений адміністратором сайту.
Програма непогано працює і на каналах з невеликою пропускною здатністю. І хоча за замовчуванням ресурси розподіляються автоматично, за допомогою додаткових налаштувань можна оптимізувати якість картинки або вибрати максимальну швидкість роботи. Реалізована також і запис всіх дій, які виконуються під час сеансу.