Аніме та Манга «Шаман кінг» починаються однаково, і до 25 епізоду аніме повторює основну сюжетну лінію манги. Після 25 епізоду прив'язка до манги поступово відходить. В аніме з'являється альтернативна версія розвитку сюжету.
Сильно відрізняються персонажі, їх імена, здібності, угруповання в складі команд і кількість самих команд. Так, наприклад, в аніме була відсутня група «Гандара» - шамани з духами класу богів, що володіють величезними силами (зокрема, воскрешати людей), які організували Йо і компанії тренування в Аду (власне, Ада в аніме теж не було). Також є істотні відмінності в правилах турніру і в головній сюжетній лінії.
Вважається, що Такеі відмовився малювати продовження манги, так як був дуже незадоволений екранізацією у вигляді аніме. Таким чином, на даний момент аніме являє собою завершений проект, а випуск манги був припинений на 6 років. З недавнього часу існує кінцівка манги, яка, як неважко здогадатися, разюче відрізняється від представленої в серіалі.
Слід також зазначити, що у всьому аніме кількість смертей було зведено до мінімуму, в той час як в манзі деякі головні герої помирали мало не по 2 рази (в поодиноких випадках - три (Рен Тао)).
Японія vs. Америка
Існує дві версії аніме Шаман Кінг - японська і американська. В американській версії аніме майже у всіх персонажів опущена прізвище. Крім того в американській версії з міркувань цензури змінені деякі елементи оформлення персонажів (зокрема, бойові пістолети замінені дитячими іграшками); також змінені імена і репліки героїв, криваві сцени затушёвани і т. д.