Не раз і не два протягом всієї середньовічної історії церква ставала вільним або мимовільним ініціатором гонінь на євреїв. З єврейських погромів в самій Європі починався Перший хрестовий похід. В Іспанії ж антимусульманських пафос останніх років Реконкісти в результаті позначився на всіх «невірних». Спрямовуючою силою тут знову стала церква, а точніше - нова інквізиція.
Євреї зі своєю відокремленістю, клановість, а також великий заповзятливістю давно викликали роздратування як серед верхів, так і серед низів суспільства. Боротьба з мусульманами «органічно» перепліталася з антисемітизмом. Тиск на євреїв в Іспанії все зростала, брало агресивні форми. Відносна терпимість християнської Реконкісти в XIV столітті змінилася фанатизмом, який супроводжувався цькуванням євреїв. Відповіддю на це став скликаний в 1354 р з'їзд єврейських громад Кастилії. На цьому з'їзді було вирішено звернутися до короля і Папи Римського з проханням захистити євреїв від звинувачення в тому, ніби вони є винуватцями стихійних лих, епідемій та голоду. Також з'їзд просив не тлумачити небесні знамення на шкоду євреям і не карати всю громаду за принципом кругової поруки за проступки окремих осіб. Потім було висловлено побажання, щоб інквізиція не чіпала євреїв. З'їзд ухвалив посилити боротьбу з донощиками і поклав на єврейські громади обов'язкові внески, призначені для того, щоб служити фондом для клопотань і самозахисту.
В 1391 р вибухнули криваві погроми відразу в багатьох містах Іспанії. Так, перестала існувати чисельна єврейська громада в Севільї. Понад 4 тисячі осіб було вбито, близько 20 тисяч прийняли християнську віру. Таких євреїв стали називати Марані. Хрещення було способом врятуватися від переслідувань, від підвищених податків і погромів. Втім, скоро і хрещення перестало бути запорукою безпеки. Маранів звинувачували в тому, що вони потай продовжують дотримуватися віри предків, продовжують триматися один одного. Так воно в багатьох випадках і було. Антисемітизм розпалювали церковні проповідники. З ініціативи одного з них - домініканця Вінсента Феррера - був прийнятий Вальядолідскій статут, сильно обмежує права іудейського населення. Проводилися публічні «диспути», в яких іновірців виставляли в дуже невигідному світлі. Одним з найбільш резонансних став Тортосскій диспут 1413-1414 рр. між одним вихреста і декількома представниками євреїв. Цей диспут послужив приводом до посилення переслідувань.
Євреям було наказано носити жовті капелюхи, що, звичайно, лише розпалювало антисемітські настрої. У 1449 г. «новим християнам» було заборонено займати муніципальні посади. Уже в першій половині XV ст. євреї потягнулися з Іспанії до Північної Африки, Палестину, Італію, Нідерланди. Створений в 1480 р новий інквізиційний трибунал розглядав тисячі справ про «иудействующих християн» і нещадно карав їх.
Євреї Кастилії і Арагона були вражені. Їх представники на чолі з доном Іцхаком Абраванелем (одним з довірених радників королівського подружжя і державним скарбником) намагалися домогтися скасування жорстокого вироку. Королю запропонували величезний викуп. Він завагався, але інквізитори пригрозили йому, і прохання євреїв була відхилена. Самому Абраванелю було дозволено залишитися, але він вважав за краще розділити долю одноплемінників і покинув країну.
Майно вигнанців їх переслідувачі отримували за безцінь. Євреїв надавалося 2-3 місяці для того, щоб вони могли встигнути продати своє майно. Почалася масова розпродаж. Покупці-християни, які знали указ в деталях, забирали єврейське майно за символічну плату. Будинок йшов за осла, виноградник - за шматок тканини. Часто місцева влада порушували і це правило і просто конфісковували будинку і землі.
Частина біженців опинилася в Північній Італії, деякий їх кількість знайшло притулок в Наварському королівстві. Значна частина переселенців попрямувала в Північну Африку, багато хто вмирав, не витримавши тягот шляху. Деякі євреї були пограбовані і вбиті капітанами суден ще до того, як кораблі досягали якогось порту. До речі, навряд чи варто сумніватися в тому, що на кораблях Колумба, що відплив з Іспанії на пошуки морського шляху до Індії в тому ж 1492 році було чимало маранів, яким не знайшлося місця на батьківщині.
Багато вигнанці вирушили до Португалії, але через п'ять років там фактично повторилася ситуація, яка сталася з євреями в Іспанії, - насильно були хрещені діти і вигнані дорослі. Це був справжній геноцид. Укази про вигнання євреїв видавалися до цього і в Англії (1290), і у Франції (1306), проте ніде вони не виконувалися настільки скрупульозно і жорстоко, як на Піренейському півострові. У 1502 року в Іспанії пішов подібний указ про арабів, а ще через деякий час - проти циган.
Треба сказати, що дуже багато Маран зберегли прихильність іудаїзму, незважаючи на вимушене і публічне прийняття хрещення. Хлопчикам повідомляли страшну таємницю про істинну віру тільки після досягнення ними 13-річного віку. Маран продовжували допомагати один одному, що викликало злість і роздратування оточуючих. Нащадки іспанських євреїв, нині розпорошені по всьому світу, відомі під ім'ям сефарди: від назви Іспанії на івриті «Сфарад». Вони до цих пір зберігають синагогальний ритуал, прийнятий колись в Іспанії і Португалії. І багато хто з них до наших днів розмовляють мовою ладіно - суміші іспанського з івритом.