На відміну від HBV, в діагностиці якого враховуються антигенні і антитільної маркери, при HCV методом ІФА уловлюються тільки антитіла. Антигени HCV, якщо і потрапляють в кров, то в кількостях, які практично не уловлюються. Антигени HCV можуть бути виявлені в біоптатах печінки при використанні іммунногістохіміческіх методів дослідження. Це істотно обмежує можливості оцінки перебігу та активності інфекційного процесу.
Нещодавно з'явилися вказівки про розробку нового підходу до індикації антигенів HCV в крові. Першим етапом є звільнення антигенів з клітинних структур шляхом лізірованіе сироватки, другим - уловлювання антигенів за допомогою специфічних моноклональних антитіл. Впровадження цього методу в клінічну практику покликаний істотно збагатити можливості діагностики і контролю за перебігом ВГС.
Антитіла утворюються до кожного з вірусних білків, розташованих у структурній і неструктурной області HCV. Цим визначається їх неоднакова специфічність і, відповідно, різна діагностична інформативність індикації. Для скринінгової індикації анти-HCV використовують метод ІФА, а як підтверджуючий референс-тесту метод іммунноблота (RIBA). Перша тест-система на основі індикації антитіл до С-100-3 в ІФА швидко отримала повсюдне поширення в клінічній, епідеміологічній практиці, при відборі донорів. Однак, вона дозволяла вловлювати антитіла в зоні, що характеризує всього 12% вірусного поліпротеїну, причому виключно в неструктурной області (NS3, NS4). Крім того штучний рекомбінантний антиген С-100-3 в повному обсязі збігається з натуральними вірусними білками, що зумовлює його слабку іммунногенность.
Антитіла до С-протеїну (core Ag) за допомогою антигену С-100-3 взагалі не уловлюються. Все це зумовило малу специфічність індикації анти-HCV і велике число помилково негативні результати, особливо в фазу хронічного ВГС. У хворих з вираженою гіпергаммаглобулінеміей, навпаки, тест С-100-3 часто дає хибнопозитивні результати. При індикації антитіл до С-100-3 особливі труднощі виникають при вирішенні задачі диференціального діагнозу хронічного ВГС з аутоімунним гепатитом, кріоглобулінеміей, коллагенозами.
Тест-системи 2-го покоління дозволяють вловлювати антитіла до білків в різних зонах генома, причому не тільки неструктурной, але і структурної області. Їх перевагою з'явилася перш за все висока специфічність, а також можливість більш повного представництва антигенного спектра HCV. Використання тест-систем 2-го покоління дозволило істотно поліпшити відбір донорів і зменшити загрозу розвитку посттрансдіффузного ВГС.
Разом з тим і при використанні тест-систем 2-го покоління не виключені помилково негативні результати, зокрема, у хворих з незвичайними для даного регіону генотипами HCV. Найбільш досконалі тест-системи 3-го покоління.
Інформативність досліджень істотно підвищується при комплексній оцінці широкого спектру анти-HCV, обов'язково в умовах динамічного контролю. Така система спостереження дозволяє вловити зміни співвідношення антитіл до різних антигенів HCV. Крім того, оцінка результатів тільки разових досліджень не завжди переконлива з урахуванням можливості, так званої, фази "вікна". Такий підхід, зокрема, виявився особливо важливим для розмежування гострої фази ВГС від хронічної.
В латентну фазу анти-HCV класу IgM практично не уловлюються. Вони знову з'являються під час загострень, здебільшого в поєднанні з підвищенням АлАТ. Відзначимо, що при HCV-інфекції динамічний контроль за АлАТ істотно доповнює оцінку динаміки анти-HCV і є важливим критерієм характеристики перебігу хвороби.
Визначення HCV-РНК в крові називають "золотим стандартом" діагностики та розмежування різних варіантів перебігу ВГС. Тільки на основі визначення HCV-РНК стало можливим генотипування вірусу, істотно підвищило інформативність лабораторного дослідження хворих.
У гостру фазу гепатиту РНК виявляється в крові вже через 1-2 тижні після зараження, тобто задовго до появи анти-HCV. При подальшому перебігу відзначена пряма кореляція виявлення HCV-РНК і виявлення анти-HCV IgM. Встановлено, що при високому вмісті HCV-РНК в сироватці крові вона здебільшого виявляється в біоптатах печінки. Високоінформатівен динамічний контроль за HCV-РНК, що дозволяє вже в латентну фазу інфекційного процесу, нерідко при відсутності анти-HCV, прогнозувати хронічний перебіг ВГС.