Путін у своєму виступі зауважив, що повертається в ФСБ як "в свій рідний дім" і налаштований на велику конструктивну роботу. Проте в книзі "Від першої особи" він згадував, що сприйняв нове призначення без ентузіазму. Інше питання - наскільки він тут відвертий.
Без ентузіазму поставилися до призначення Путіна і багато кадрових співробітники ФСБ. Незабаром після призначення Путіна уряд Кирієнко, наймолодше за всю російську історію, яке вважалося прозахідним і реформістські налаштованим, було відправлено у відставку. Змінив Кирієнко Примаков, колишній перший заступник голови КДБ і директор Служби зовнішньої розвідки, був очевидним противником і Єльцина, і всього його оточення. Для генералітету ФСБ прихід Примакова на пост прем'єр-міністра означав якщо не доконаний переворот, то принаймні його початок. Який дістався у спадок від минулої епохи Кирієнко Путін всерйоз не сприймався. До того ж Путін був всього лише підполковник. У військовій організації, де до чинів ставилися серйозно, без посмішки або злоби не можна було згадувати військовий ранг Путіна.
Напрямок минулої діяльності Путіна в КДБ також було причиною для насмішок. Путін працював в НДР, куди посилали трієчників від розвідки. Перший ешелон співробітників прямував, звичайно ж, в капіталістичні країни, перш за все в США і Західну Європу. Якби до Путіна як до фахівця в КДБ ставилися серйозно, він працював би в Західній Німеччині, а не в Східній.
Але саме тому, що центральним генералітетом ФСБ Путін не сприймався як свій, він і був поставлений хитрими царедворцями - Чубайсом і Юмашевим - на чолі ФСБ. Справа в тому, що попередник Путіна генерал ФСБ Микола Ковальов (союзник Лужкова і Примакова) був в ФСБ занадто своїм і мав певну політичну мету: захопити владу в Росії, як колись намагався зробити Коржаков. Тільки не для себе, а для ідеологічних супротивників Єльцина. Оскільки в Росії отримання влади багато в чому пов'язано з наявністю грошей, Ковальов спробував взяти під свій контроль основні економічні структури країни за допомогою двох найбільших в ФСБ економічних відділів: Управління економічної контррозвідки (УЕК) і Управління контррозвідувального забезпечення стратегічних об'єктів (УКРОС). Це і стало основною причиною звільнення Ковальова і початку реформування ФСБ, яке було доручено Путіну. В оточенні Єльцина порахували, що Путін, який дослужився всього лише до підполковника в провінційному східнонімецькому місті Дрезден, повинен бути ображений на систему і лояльний залишиться Кремлю, а не Луб'янці.
Одним з напрямків роботи Путіна стала протидія тенденції, що склалася, в рамках якої мер Москви Юрій Лужков і губернатор Санкт-Петербурга Яковлєв надавали дедалі більшого впливу на регіональних керівників ФСБ. Іншими словами, Московське і Санкт-Петербурзьке управління ФСБ по суті підпорядковується не директору ФСБ, а до начальників. Диктувалося це економічними міркуваннями. На офіційну державну зарплату ніхто з офіцерів ФСБ давно не жив. На додаток до зарплати всім вдавалося пакети з готівкою. Ці гроші потрібно було десь брати, і регіональні управління ФСБ повсюдно вступали в безпосередні комерційні відносини з міськими керівниками, надаючи їм за одержувані гроші певні послуги: персональну охорону, кришування бізнесів та інше. Чим більше було місто, тим більш впливовою начальники. До приходу Путіна на посаду директора ФСБ керівник Управління ФСБ по Москві і Московській області за політичним впливом в уряді міг змагатися з директором ФСБ, а по економічним можливостям залишав директора ФСБ сильно позаду.
Замість скасованих управлінь економічної контррозвідки і контррозвідувального забезпечення стратегічних об'єктів було створено шість нових управлінь на чолі з новими керівниками. У ці нові управління Путін набрав старих виведених за штат співробітників, завершивши цим реорганізацію, на яку пішов приблизно місяць. Без роботи ніхто з виведених за штат не залишився. Загальне число співробітників ФСБ Путін не скоротив.
Путін зробив роботу в ФСБ більш привабливою у фінансовому відношенні. Він домігся регулярного фінансування ФСБ і - безпосередньо у Єльцина, минаючи бюрократичну сходи, - підвищення зарплати співробітникам ФСБ, яких тепер зрівняли з працівниками Служби зовнішньої розвідки (СЗР) і Федерального агентства урядового зв'язку (ФАПСИ).
Лише одну операцію Путін провів успішно: по зняттю зі своєї посади генерального прокурора Росії Юрія Скуратова. Чому корумпований генеральний прокурор Росії вирішив боротися з корупцією в Управлінні справами президента і самим Єльциним, сказати важко. Чи то через лояльність Коржакову, то чи через політичні симпатії комуністам, чи то під тиском Євгена Примакова, що був тоді прем'єр-міністром, вкрай негативно ставився і до Єльцина, і до його оточенню, часто званого "сім'єю", в тому числі і до управління справами президента Павлу Бородіну. Вже в чому точно не можна було запідозрити ні Скуратова, ні всіх наступних генпрокурорів Росії, це в щирому бажанні боротися з корупцією у верхніх ешелонах влади, що в загальному-то генпрокурори зобов'язані були робити за посадою.
На відміну від російських колег швейцарські слідчі довели розслідування до кінця. Підсумком його з'явився отримав широкий міжнародний резонанс арешт в США Павла Бородіна, який прибув туди на процедуру інавгурації президента Джоржа Буша, з подальшою його екстрадицією до Швейцарії. В ході слідства і судового розгляду була розкрита корупційна схема, яка використовується Бородіним і його швейцарськими подільниками. Бородін за рішенням швейцарського суду був оштрафований на приблизно 375 тисяч доларів, але провини своєї не визнав і від сплати накладеного на нього штрафу відмовився. Відмовилась вносити штраф за Бородіна і Росія. Гроші, які були запорукою для звільнення Бородіна з швейцарської в'язниці, були внесені одним з його швейцарських партнерів. Зрештою справа закінчилася фарсом.
Практично збіглися за часом атаки на генерального прокурора Скуратова і свідка швейцарської прокуратури Філіпа Туровер, інформація якого використовувалася швейцарськими і російськими слідчими. Після відставки Скуратова щодо швейцарського підданого Туровер прокуратурою Москви було порушено кримінальну справу. Ось що пише в своїх спогадах "Варіант дракона" Скуратов: "Туровер нам допоміг більш ніж ФСБ, МВС і СВР разом узяті. Усі свідчення його, на жаль, підтвердилися. Не зафіксовано жодного випадку лжесвідчення з його боку. Наші спецслужби, захищаючи" кремлівських ", почали розробляти Туровер і дискредитувати його". Він звинувачувався в обмані, підбурюванні, давання хабара та крадіжці. У зв'язку з порушенням кримінальної справи Туровер був оголошений у всеросійський розшук, а потім і в розшук по лінії Інтерполу. Правда, звинувачення російської сторони проти Туровер не підтвердилися і згодом справа була закрита.
В операції по дискредитації і зняття Скуратова найголовніша роль була відведена Путіну. Саме його агенти зняли і оплатили квартиру, в яку приїхав Скуратов для зустрічі з дівчатами. Саме його агенти зробили запис розваг генерального прокурора. Саме в розпорядженні Путіна виявилася плівка, на якій "людина, схожа на генерального прокурора", як писала, відповідно до закону російська преса, яка не мала права стверджувати, що на плівках зображений саме Скуратов, знаходився в компанії двох повій. І саме Путін публічно озвучив вимогу президента Єльцина до Скуратова добровільно піти у відставку, щоб уникнути скандалу.
Скандал поставив під загрозу репутацію Путіна і його відомства. Свою стурбованість ситуацією, що склалася на зустрічі з Путіним висловив президент, який рекомендував Путіну розібратися з суттю висунутих групою Литвиненко проти керівництва ФСБ звинуваченнями. Путін на це декларував, що "в разі підтвердження відомостей про злочинну діяльність наших співробітників, незалежно від звань і посад, ми безжально позбавляємося від них і передаємо матеріали в прокуратуру".
Проте громадська думка країни і преса, схильні приписувати російському олігархові Березовському контроль над вищими чиновниками держави, стали підозрювати, що все, що відбувається є змовою між Путіним і Березовським з метою віддати контроль над ФСБ Березовському і його людям, одним з яких вважався Литвиненко. Такі настрої громадськості для Путіна представляли загрозу. Було відомо про відкрите конфлікті Березовського з прем'єр-міністром Примаковим, в кабінет міністрів якого входив Путін; генпрокуратура намагалася порушити проти Березовського кримінальні справи за звинуваченням в економічних злочинах; і асоціювання Путіна з Березовським, звичайно ж, йшло Путіну на шкоду. Тим більше, що Березовський став втрачати вплив всередині єльцинського оточення, і інформація про це не дійти до Путіна не могла, так як і він входив в це оточення і був близько знайомий з усіма іншими туди входять.