Місто Новосибірськ, спочатку селище Новомиколаївський, виник як селище будівельників Транссибірської залізниці. Створення Великого сибірського залізничної колії стало найбільшою державною акцією на рубежі століть, подією світового значення, що стоїть в одному ряду з такими великими будівництвами людства, як трансконтинентальні магістралі Північної Америки, Суецький і Панамський судноплавні канали.
Навесні 1891 року дослідницька партія на чолі з Н. Г. Гаріним-Михайлівським приступила до роботи по вибору місця для спорудження моста через річку Об і в залежності від цього напрямку траси майбутньої залізниці. При вивченні декількох варіантів дослідники вибрали найвигідніший - будувати залізничний міст біля села Крівощеково. Спочатку передбачалося зробити мостовий перехід біля старовинного міста Коливань, але в цьому місці розлив річки виявився великим. Гарін-Михайлівський у своїй записці писав: «На 160-верстовий протягом це єдине місце, де обидва береги в ложі скласти. І це найвужче місце розливу: у Коливань розлив річки 12 верст, а тут 400 сажнів ».
Під час будівництва Транссибірської залізничної магістралі для духовного окормлення будівельників залізниці і мостів через сибірські річки по споруджуваної магістралі курсував Вагон-Церква. Поблизу від залізничної станції, що стала містоутворююче основою майбутнього Новомиколаївська, була споруджена дерев'яна церква в ім'я святого пророка Даниїла.
Будувався собор за проектом архітектора К. К. Лигин. Піклувальником будівництва комітет призначив інженера В. А. Лінка.
Будівництву цієї церкви імператорський двір надавав особливого значення. Вона будувалася в пам'ять імператора Олександра III - засновнику Великого сибірського шляху. У 1890 році спадкоємець російського престолу великий князь Микола Олександрович (майбутній імператор Микола II) здійснив подорож на Далекий Схід, прямуючи через Відень, Грецію і Єгипет в Індію, Китай і Японію. Влітку 1891 роки цесаревич Микола повертався з Владивостока в Санкт-Петербург через Сибір, в якій він звернув увагу на нечисленність церков.
У 1894 році став імператором Микола II засновує Особливий комітет з будівництва церков і навчальних закладів уздовж Транссибірської магістралі. Створюється фонд імені імператора Олександра III, який складався з внесків благодійників церкви. По лінії Сибірської залізниці було побудовано 27 церков на кошти цього фонду: в Новоніколаєвську, Омську, Каїнське, татарські, Тайге та інших населених пунктах.
З цього фонду було виділено 47 тисяч рублів на будівництво церкви Олександра Невського в Новоніколаєвську. З виділених грошей 19 тисяч рублів доводилося на частку московських купців першої гільдії Баєва.
Клірова відомість вказує, що церква мала достатню начиння: вісім священичих шат, сім стихарях, в тому числі один із золотої парчі, три срібних потира з приладами вагою від 1 до 5 фунтів, три напрестольних Євангелія, в тому числі одне - в срібному окладі, три срібних напрестольних хреста. Іконостас собору був застрахований в Синодальному страховому товаристві на суму 35 тисяч рублів. Для розміщення штату церковнослужителів були побудовані три дерев'яні будинки.
У «Путівнику по Великій Сибірській дорозі», виданому в 1901 році, наводиться опис селища Новомиколаївська: «У центрі поселення, що розкинулося майже на 10 верст уздовж берегів річки Обі і її притоки річки Кам'янки, споруджений на суми, пожертвувані Його Імператорською Величністю і на жертви і приношення приватних осіб. Гарний кам'яний храм, який має служити пам'ятником Царю-миротворця на Великому Сибірському шляху ... ».
Храм кам'яний з трьома престолами: головний в ім'я Св. Благовернаго Князя Олександра Невського і два бокових - в ім'я Св. Чудотворця Миколая Мірлікійскаго і святого великомученика Георгія Побідоносця.
У 1903 році селище було затверджено безуездного містом Новомиколаївському Томської губернії. У 1909 році місто отримує право міського самоврядування: право вибирати міську думу і мати міську управу; стає рівноправним в системі російських міст.
У міську думу було обрано 40 голосних, в основному представники заможної частини населення. Першим міським головою було обрано Володимира Іполитович Жернаков. У 1914 році йому було присвоєно звання «Почесний громадянин міста» за труди на благо місту протягом п'яти років керівництва міською думою.
Олександро-Невський храм на довгі роки став зосередженням духовного життя міста. На території приходу церкви розміщувалися навчальні заклади: реальне училище імені Дому Романових, жіноча гімназія, учительська семінарія, міське чотирьохкласне училище і 10 шкіл (одна з них церковно-парафіяльна).
У парафії Александроневська храму існувало дві приписних церкви: в честь Воскресіння Господнього і в честь Покрова Пресвятої Богородиці. У 1913 році вони були виділені в самостійні парафії, а Олександро-Невський храм в 1915 році отримав статус собору.
Більшість жителів Новомиколаївська були православними, але в місті існували і віруючі інших релігій. У «Сибірському торгово-промисловому щорічнику на 1914- 1915 рр.», Виданому в Красноярську в 1915 році, про Новоніколаєвську йдеться: «В даний час в місті сім православних храмів. Римо-католицький костел, молитовні будинки старообрядців, лютеран і осіб магометанської і іудейської віри ».