Всі виробники і імпортери алкоголю маркують кожну одиницю товару (кег, пляшку і т д.). Виробник клеїть федеральні спеціальні марки, а імпортер - акцизні марки. Двовимірний штрих-код на кожній пляшці містить:
- найменування алкогольної продукції,
- дані про виробника,
- ліцензії,
- дата розливу напою і інші його унікальні характеристики.
Комірник роздрібного магазину в процесі приймання алкоголю на склад зобов'язаний обробити накладні від постачальників через ЕГАИС одним із таких способів:
- прийняти,
- відхилити,
- оформити акт розбіжностей.
Щоб відповідати технічними вимогами, в кожній торговій точці повинен стояти комп'ютер з універсальним транспортним модулем (УТМ) і підключенням до інтернету. Також потрібен кріптоключа JaCarta з кваліфікованої підписом. Товарознавець повинен здійснювати приймання в модифікованої ПЗ товарного системі магазину, яка вміє працювати з ЕГАИС, або в сторонньому програмному продукті, наприклад, Контур.ЕГАІС. При бажанні організація під час приймання товару може сканувати штрих-код з кожної пляшки 2D-сканером.
Касир під час продажу алкоголю зчитує 2D-сканером штрих-хід з пляшки. Касова програма магазину, модифікована під вимоги ЕГАИС, відправляє інформацію з штриха через інтернет на сервер ФС РАР для перевірки. Після успішної перевірки система формує унікальний QR-код для чека і алкоголь відпускається покупцеві.