Приблизно в той же временя в способі життя Гуса відбулася значна зміна. Під впливом книг - насамперед творів Уиклифа - він з веселого світського людини перетворився майже в аскета. Збереглося багато доказів глибокого впливу на Гуса ідей англійського реформатора. Один із знайомих Гуса пізніше згадував, що той одного разу зізнався: «Книги Уиклифа відкрили мені очі, і я читав їх і перечитував». Однак перебільшувати цей вплив не слід. Хоча власні твори Гуса місцями є дослівними витягами з Уиклифа, він не приймав його вчення цілком. Зокрема, у важливому питанні про євхаристії він мав свою думку. Якщо Вікліф вчив, що при пресуществлении хліб залишається хлібом і Христос присутній в причасті тільки символічно, а не тілесно, то Гус (в повній згоді з католицьким вченням) вважав, що Христос дійсно міститься в святому причасті приблизно так, як душа міститься в людині - зовнішність хліба покриває Його, як тіло душу. Гус не поділяв і багатьох інших радикальних поглядів Вікліфа. Він не заперечував повністю папської влади, глибоко шанував таїнство священства і брав загальний погляд католицької церкви на важливу посередницьку роль духовенства у відносинах між Богом і мирянами. Розрізнялися їх погляди і на значення Писання. Якщо для Уиклифа Писання містило в собі все християнське вчення, то для Гуса воно було лише його основою. Як і всі католики, він вважав, що вчення продовжує розвиватися правилами святих пап і постановами соборів. Чи не торкаючись католицьких догм, Гус, однак, дуже суворо картав пороки сучасної церкви. Його промови зустрічали живий оклик в мирян і справили величезний вплив на сучасників.
За часів Гуса чеське суспільство переживало підйом національної самосвідомості, що супроводжувався опозицією до католицького духівництва. Празькі громадяни голосно вимагали, щоб проповіді в церквах виголошувалися не тільки по-латині і по-німецьки, а й по-чеськи. Король Вацлав IV підтримав цю вимогу, і незабаром в Празі відкрилася нова каплиця, що отримала назву Віфлеємської. Тут виступало кілька вельми красномовних проповідники, проте жоден з них не набув і малої частки того значення, яке надали цій каплиці виступу Гуса. Його бліде, змарніле обличчя, його задумливі очі вражали прихожан ще перш, ніж лунав його голос. На тлі загального занепаду моральності духовенства, його репутація завжди була кришталево чистою. Один з особистих ворогів Гуса пізніше писав про нього: «Життя його була сувора, поведінка бездоганно, безкорисливість таке, що він ніколи нічого не брав за треби і не приймав ніяких дарів і приношень». У своїх проповідях він не прагнув вражати прихожан красою складу, мова Гуса не була ні палких, ні блискучою, так що на слухачів діяла, головним чином, сила і щирість його переконання. Викриття Гуса завжди бували суворі і нещадні він не щадив ні світських, ні духовних осіб, постійно говорив про зарозумілості духовенства, про гонитву за ієрархічними підвищеннями, про користолюбстві і жадібності. Приводів для цього було більше ніж достатньо.
Стан церкви тоді являло собою саме безрадісне видовище. Багатьом віруючим взагалі здавалося, що вона з «Божого дому» перетворилася в установа, призначена виключно для збору грошей. Папи обкладали щорічної даниною весь християнський світ і брали ще понад установлений. Папський двір відкрито торгував церковними посадами. Великі доходи римської курії давала продаж індульгенцій, до глибини душі обурює всіх добропорядних християн. До всього цього додалося ще багаторічна двоепапство. У 1378 р на папський престол було обрано одночасно Урбан VI і Климент VII. Після цього протягом півстоліття Європа бачила «мерзоту запустіння на святому місці». Частина держав визнавала римського первосвященика. Інші віддавали перевагу його противнику, який затвердив свій двір в Авіньйоні. Папи і антипапи раз у раз зраджували один одного прокляття і непристойно сварилися. Розколу не було видно кінця, і у добропорядних християн виникало сумнів, що Христос пильнує свою церкву. Всім було ясно, що обидва первосвященика - помилкові намісники Христа, обидва антихристи, і що єдиним способом виправити становище було повалити і позбавити влади обох Чеська церква також являла собою сумну картину занепаду. Багато празькі священики майже відкрито жили з коханками, влаштовували бенкети з танцями, грали в кості, полювали і здійснювали інші неналежні вчинки. Ченці (в одній Празі їх було більше тисячі) проводили більшу частину часу в ледарства і віддавалися найрізноманітнішим пороків. Багатьох з них помічали в зв'язках з жінками. Але найгірше була нестримна жага золота, яка охопила тоді всю церкву. «Останній грошик, який бабуся зав'яже собі в покривало, щоб уберегти його від злодія або розбійника, цей грошик зуміє у неї виманити священик і чернець ... - говорив Гус - Багатство отруїло і зіпсувало церква. Звідки війни, відлучення, сварки між папами і єпископами? Собаки гризуться через кістки. Відніміть кістка - і світ буде відновлений. Звідки підкуп, симонія, звідки нахабство духовних осіб, звідки перелюбу? Все від цієї отрути ».
Злостячись на Гуса, вороги довгий час не мали можливості звинуватити його ні в що серйозне. Але потім йому все частіше (і абсолютно необгрунтовано) стали приписувати єретичні помилки. У 1403 р в Празькому університеті розгорілася полеміка через богословського вчення Вікліфа Німецький магістр Гюбнер витягнув з його трактатів 45 єретичних положень, для обговорення яких ректор Геррасер скликав усіх празьких докторів і магістрів. Засідання носило бурхливий характер.
Коли громадський нотаря прочитав негожі параграфи, то за нові ідеї встала ціла фаланга магістрів-чехів, яка бачила в Вікліф свого вчителя. Але вони не змогли добитися перемоги, і після закінчення дебатів більшість ухвалила: «Щоб ніхто не вчив, не проповідував і не стверджував, ні гласно, ні таємно, вищезазначених параграфів під страхом порушення присяги». За цією постановою спочатку не було ніяких каральних заходів. Серед придворних і колег Гуса було багато уікліфістов, та й сам він в проповідях ніколи не приховував своєї прихильності до англійського вероучителя. Але з роками вороже ставлення офіційної церкви до ідей Вікліфа ставало все більш непримиренним. В кінці 1407 р Римський Папа Григорій XII направив празькому архієпископу буллу з вимогою викорінити сектантів, які проповідують проти вчення про святого причастя.
Після цього в 1408 р почалося нове, більш жорстоке гоніння. Знову були засуджені горезвісні 45 параграфів, ідеї Вікліфа строго заборонялося викладати і захищати.
Партія уікліфістов в Чехії зазнавала поразки і незабаром мала зовсім зникнути, але тут, на щастя для неї, між королем і архієпископом виникли серйозні тертя. Причиною їх став церковний розкол: у той час як архієпископ Збинек з усім капітулом продовжував орієнтуватися на Рим, король Вацлав (виступав за скинення обох суперників - як римського Григорія XII, так і авіньйонського Бенедикта XIII) зажадав від своїх підданих дотримання нейтралітету. (Передбачалося, що на Пізанської соборі, скликання якого Вацлав активно підтримував, буде нарешті обраний законний папа, який покладе край багаторічному розколу.) Спори про нейтралітет мали важливі наслідки для Празького університету. З самого заснування він не був чисто чеським національним установою, оскільки служив головним розумовим центром не тільки для чехів, а й для німців. Згідно зі статутом, штат університету - як професора, так і студенти - поділявся на чотири нації - чеську, польську, баварську і саксонську. У всіх справах внутрішнього самоврядування кожна нація мала один голос. Формально цим проголошувалася рівність націй, але фактично така організація забезпечувала повне панування німецької партії, бо баварці і саксонці були природними німцями, а в польську націю записувалися переважно вихідці з Сілезії.
Питання про нейтралітет, збуджений королем, викликав в університеті розкол за національною ознакою. Німецькі професори та вища чеське духовенство твердо стояли за Григорія, а чеська партія, очолювана Гусом, одностайно висловилася за нейтралітет. Розгніваний архієпископ назвав Гуса «непокірним сином церкви» і заборонив виконувати які б то не було священичі обов'язки. Разом з ним були усунуті інші прихильники нейтралітету. Але цей захід, замість того щоб налякати чеську націю, надихнула її. Симпатії празького населення були цілком на їхньому боці. Гус запропонував звернутися до короля з проханням про зміну університетського статуту таким чином, щоб при вирішенні всіх питань голосу німців і чехів були зрівняні. Король спочатку прийняв Гуса дуже недружелюбно, але потім задовольнив його побажання. Підсумком всіх цих рухів став розкол Празького університету. Німці, обурені нововведенням, стали вимагати відновлення своїх прав. Вацлав розлютився, наказав прогнати ректора, відібрати у нього печатку і ключі. Тоді 16 травня 1409 р більше п'яти тисяч німців - професорів і студентів - залишили Прагу і пішли в Лейпциг, де заснували новий німецький університет.
Архієпископ, після марної боротьби з королем, змушений був визнати цей вибір.
Тим часом гоніння на Гуса посилювалися. У 1412 році папа Іоанн XXIII велів піддати його новому відлучення. Прокляття повинні були повторити при дзвін, з запалюванням і погашенням свічок. У формулі прокляття говорилося, що відтепер ніхто не повинен давати Гусу ні їжі, ні пиття, ні притулку, і місце, на якому він стоїть, піддається інтердикт. Всім вірним синам церкви ставилося в обов'язок затримувати Гуса всюди, де б вони його не зустріли, і віддавати в руки архієпископу або єпископу. Віфлеємську каплицю, як розсадник єресі, тато велів знищити. Здійснити ці загрози в Празі, де у Гуса налічувалося безліч прихильників, не було ніякої можливості. Коли одного разу вороги Гуса спробували зірвати богослужіння в Віфлеємської каплиці, миттєво збіглися натовпи народу, і страхіття противники пішли ні з чим. Король також залишався покровителем Гуса, хоча сварка останнього з татом йому дуже не подобалася - вона кидала тінь на репутацію Вацлава, бо вороги поширювали про нього в Європі чутки як про захисника єретиків. В кінці 1412 року він умовив Гуса виїхати з Праги і тим покласти край смуті. Перебуваючи за межами столиці, той написав свій головний твір «Про церкви». Воно стало його заповітом для чеських реформаторів.
Восени 1414 р вимогу імператора Сигізмунда в Констанці зібрався церковний собор, який повинен був покінчити з тривалому розколом західної церкви. (Пизанский собор не зміг цього зробити; фактично він навіть посилив його, так як замість двох тат виявилося три). Попутно в Констанс вирішувалися інші заплутані церковні справи. Справа Гуса було одним з них, і імператор відправив йому особисте запрошення на собор. Сигізмунд писав, що надасть Гусу можливість висловити свої погляди, і обіцяв відпустити його на батьківщину навіть в тому випадку, якщо Гус не підкориться рішенню собору. Багато друзів Гуса, знаючи мінливість Сигізмунда, відмовляли його від цієї поїздки. Однак Гус вирішив їхати. Йому здавалося, що, з'явившись на собор, він виправдає себе перед обвинувачами і переконає в істинності своїх ідей не тільки мирян, але і прелатів.
Спочатку Сигізмунд прийшов у сильний гнів і оголосив про свій намір силою звільнити в'язня. Але через деякий час він різко знизив тон і надав духовенству повну владу над долею свого підзахисного. Гуса перевели в замок Готтліб, що належав Констанський єпископу, закували в ланцюги і тримали у великій строгості.