1. Харчові продукти містять в своєму складі необхідні для росту мікроорганізмів поживні речовини. Тому багато мікроорганізмів, потрапивши в харчові продукти, не тільки зберігаються, а й бурхливо розмножуються в них.
2. Харчові продукти відіграють велику роль, як фактор передачі збудників багатьох хвороб людини і тварин (сибірської виразки, туберкульозу, бруцельозу, холери, ботулізму, дизентерії, черевного тифу, сальмонельозів, ешеріхіозов і.т.д.) Умовно-патогенні мікроорганізми і їх токсини, що накопичилися в продуктах харчування, можуть викликати харчові отруєння: токсикоінфекції та токсикози.
3. У різних харчових продуктах умови для розмноження мікроорганізмів не однакові. Це обумовлює різноманітність якісного складу мікрофлори і нерівномірність її розподілу в продукті.
§ в висушених продуктах, в продуктах щільною і твердою консистенцією, продуктах підвищеної кислотності мікроорганізмів менше, їх поширення утруднено, і вони концентруються на поверхнях або в певних ділянках - осередках з більш комфортними умовами існування.
§ в рідких і напіврідких продуктах з нейтральною або близькою до неї pH частіше створюються сприятливі умови для розвитку мікроорганізмів, вони поширюються більш інтенсивно і рівномірно.
4. У процесі переробки і виготовлення харчових продуктів піддаються різним механічним, фізичних і хімічних впливів, що істотно впливає на склад і кількість що знаходяться в них мікроорганізмів. З технологічних процесів найбільш важливі характер обробки продукту і застосування різних методів консервування. Наприклад, механічне подрібнення і перемішування різко збільшує загальну забрудненість, сприяє рівномірності обсіменіння. Термічна обробка - пастеризація, варіння, обсмажування різко зменшують кількість тих, що були в продуктах мікроорганізмів. Внесення консервантів, в тому числі кухонної солі, нітриту, спецій, пропионатов, бензоату натрію, молочної, оцтової, аскорбінової кислоти різко знижує кількість мікроорганізмів і гальмує їх розмноження в харчових продуктах.
5. У складі мікробного співтовариства того чи іншого харчового продукту часто відбуваються процеси сукцесії, тобто взаємодії між мікроорганізмами і послідовної зміни домінуючих видів. Наприклад, молочнокислі бактерії, розщеплюючи вуглеводи, створюють кисле середовище, яка стає сприятливим для розвитку дріжджів і цвілевих грибів. Гриби в процесі розвитку зрушують рН середовища в лужну сторону, що сприяє розмноженню гнильних мікроорганізмів.
6. Між окремими мікроорганізмами або їх групами безпосередньо в харчовому продукті можуть встановлюватися складні взаємини синергізму (кефір, настій чайного гриба і т.д.) або антагонізму. Антагоністичні взаємини можуть виявлятися в конкуренції за поживні речовини, кисень, життєвий простір. При цьому конкуруючі мікроорганізми виділяють речовини, що змінюють pH середовища, в'язкі речовини (молочнокислі, оцтовокислі палички, лейконостокі), а також антибіотичні речовини, що затримують і припиняють зростання конкурентних мікроорганізмів. Такі взаємовідносини використовують при переробці та виготовленні деяких харчових продуктів для досягнення необхідної консистенції, кислотності і смаку.
7. Кількість і якісний склад мікроорганізмів конкретних харчових продуктів залежать від термінів і умов зберігання. Зберігання в умовах заморожування, низьких температур, а також в зміненій газовому середовищі дає возможнось продовжити термін використання харчових продуктів.