Історія виникнення і формування капоейри оповита безліччю легенд і таємниць, які скоріше є наслідком браку інформації про ранній період її становлення і розвитку.
До теперішнього часу точно невідомо походження слова «капоейра». Одні дослідники вважають, що воно запозичене з мови племен, що населяли Південну Америку до появи європейців, інші шукають коріння цього поняття в європейському португальською мовою, в говірками племен, що населяли африканський континент.
Про походження капоейри також існують різні версії. Одні джерела свідчать, що прототипом капоейри був так званий «танець зебр», поширений серед племен центральної Африки, інші стверджують, що капоейра є синтез різних культур і вірувань індіанців Південної Америки.Одна з найпоширеніших версій свідчить, що це бойове мистецтво сягає своїм корінням на "чорний континент", в Африку.
У 1500 році португальці висадилися на берегах Південної Америки. Перед колонізаторами гостро постало питання, кого краще використовувати в якості безкоштовної робочої сили для того, щоб з максимальною швидкістю освоїти величезні території. Спочатку вони намагалися привернути до рабської праці представників місцевих індіанських племен, проте ті часто збігали, крім того, швидко вмирали, не витримуючи умов утримання. Тому було вирішено почати ввезення рабів з Африки. Всього за різними підрахунками, з початку 16-го століття до прийняття закону про скасування рабства в 1888 році з Африки тільки в Бразилію було вивезено близько 8 мільйонів чоловік. При це навряд чи половина з них дісталася до берегів Південної Америки - не витримуючи важкої шляху через Атлантику, багато невільники вмирали від голоду, епідемій, гинули в корабельних аваріях.Колонізатори не роблять різниці між представниками різних племен. У підсумку в одних бараках виявлялися жителі самих різних областей Африканського континенту, що говорять на різних мовах, мають різні звичаї. В результаті такого існування елементи культур різних племен через деякий час почали переплітатися між собою, утворюючи єдине ціле. Цей синтез згодом став основою для розвитку капоейри.
Раби були змушені жити в нестерпних умовах. При цьому, постійно принижуючи і утискаючи їх, рабовласники жорстоко карали за порушення дисципліни і спроби втечі. Невільникам заборонялося практикувати будь-які бойові мистецтва. Однак, з часом, в їх середовищі сформувалося переконання, що, незважаючи ні на що, необхідно вміти захистити себе від утисків і боротися за власну свободу. Так була закладена духовна основа для унікальної бойової системи, яка стала поєднувати в собі атакуючі і захисні техніки у вигляді цілої системи рухів і прийомів, які давали можливість замаскувати цю бойову систему і зробити її схожою на химерний танцювальний ритуал.Незважаючи на найсуворіші заборони, непоодинокими були випадки втечі невільників. Для того щоб вижити на незнайомій землі, вони були змушені об'єднуватися. На території Південної Америки утворилися цілі поселення рабів-утікачів - "кіломбуш". У цей період капоейра стала для рабів єдиною можливістю захистити себе. У 1888 році рабство в Бразилії було скасовано. Але, ставши вільними, колишні раби залишилися наданими самі собі - можливості прогодувати себе і сім'ї, легально заробляючи собі на життя, у багатьох з них не було. Як результат, мільйони людей були змушені піти по кримінальному шляху. У великих містах Бразилії почалися грабежі і розбої, часто пов'язані з вбивствами. При цьому, злочинці чудово володіли прийомами капоейри, яка робила їх надзвичайно небезпечними. Слово «капоейріст» стало синонімом слова «злодій», «грабіжник» і «бандит». В результаті цього влада оголосила капоейру поза законом.Збереглися поліцейські звіти, в яких говорилося про якийсь людину на ім'я Бізору (Besouro), який, використовуючи прийоми капоейри, бив в поодинці цілий загін поліції, відбирав у них зброю і відносив до поліцейської дільниці, демонструючи безпорадність влади. Він став легендою серед капоейрістов. Подейкували, що він "Corpo feshado", тобто «Невразливий». За ним почалося справжнє полювання, але довгий час ніхто не міг його впіймати. Згідно з легендою, Бізору був убитий заговореним дерев'яним кинджалом, коли виходив з бару.
Незважаючи на те, що капоейра піддавалася гонінням і люди, практикуючі її, переслідувалися владою, майстри капоейри продовжували таємно збиратися зі своїми учнями і навчати їх цьому мистецтву. З метою конспірації та захисту від поліції з'явилася традиція давати людині, практикуючому капоейру, кличку, або «appelido». У середовищі капоейрістов його з тих пір називали тільки по appelido, при цьому ніхто не знав справжнього імені. Коли хтось із капоейрістов потрапляв у засідку, він при всьому бажанні не міг назвати жодного справжнього імені.Традиція давати людині, практикуючому капоейру, аппеліду, збереглася і донині. Аппеліду отримує кожен капоейріст, що пройшов обряд посвячення - batizado (батізаду).
Для того, щоб ввести в оману поліцію щодо справжніх цілей тренувань, капоейрісти стали використовувати безліч музичних інструментів. Сигнали всім присутнім подавалися за допомогою різних ритмів. Так, наприклад, при виникненні загрози, музиканти починали грати спеціальний ритм - Cavalaria (Каваларі). Всі глядачі і учасники тут же розгорталися, і, як ні в чому не бувало, розходилися по домівках. Решта на майданчику гравці починали робити заздалегідь відпрацьовані, хитромудрі руху, які миттєво перетворювали тренування в нешкідливий танець.
У 1930 році, в результаті військового перевороту, ситуація змінилася. Все більше і більше представників чорношкірого населення Бразилії отримували роботу, поліпшувалася ситуація на вулицях міст. Поступово капоейра перестала бути синонімом злочинності і стала перетворюватися в невід'ємну частину бразильської культури. Гоніння на капоейрістов ослабли і у них з'явилася можливість більш не приховувати свої заняття.Аж до 30-х років минулого століття капоейра не мала ніякої чіткої структури, програма вивчення будувалася кожним капоейрістов на свій розсуд. Те саме стосувалося і набору рухів і прийомів, які ставилися до прийомів капоейри. А багато капоейрісти і зовсім вчилися без будь-яких програм, винаходячи і відпрацьовуючи прийоми прямо в ході чергового поєдинку.
Одним з перших людей, систематизувати капоейру, став Мануель Дос Рейш Машаду, відомий в середовищі капоейрістов як Mestre Bimba (Местре Бимба). Він сформулював основні правила капоейри, систематизував руху і визначив музичні інструменти для ведення основного дії капоейри - пологи. У 1932 році Местре Бимба відкрив першу офіційну академію капоейри. Він так само став першим використовувати пояси різних кольорів для позначення рівня учня. На його тренування спортсмен зобов'язаний був приходити в білому одязі. В даний час білосніжна форма є основним одягом в більшості груп, які практикують капоейру.Згодом капоейра поширилася далеко за межі Бразилії. У самій Бразилії вона визнана офіційним видом спорту. Сьогодні капоейрою займаються десятки тисяч людей по всьому світу.