Основні напрямки досліджень:
- Розробка нових технологій і видів сирів;
- Комплексне вивчення сировинної і технічної бази, економічних показників виробництва сироробних підприємств з видачею рекомендацій по оптимізації структури переробки молока і випуску продукції вищої якості;
- Організація виробництва сирів та іншої молочної продукції на підприємствах;
- Підбір серійного обладнання російських і зарубіжних виробників, розміщення обладнання з урахуванням умов конкретного заводу;
- Надання науково-консультатівнйо допомоги в освоєнні нових технологій виробництва молочних продуктів;
- Виготовлення нестандартного і допоміжного молочного устаткування;
- Розробка і впровадження нових кормових продуктів, ефективних лікувально-профілактичних добавок в раціони великої рогатої худоби, свиней і птиці, заквасок для силосування кормів;
- Навчання і підвищення кваліфікації фахівців сироробних підприємств;
- Продаж власних науково-технічних розробок і «ноу-хау» в області сироваріння та переробки молока, виробництва бактеріальних препаратів, захисних покриттів для сирів, молочного обладнання.
До складу філії спочатку входили три лабораторії, а його штат становив 20 осіб. В роки становлення колективу діяльність філії, в основному, зводилася до надання науково-практичної допомоги сироробним і маслоробний підприємствам регіону, а також до впровадження прогресивних технологій і обладнання.
У сімдесяті-вісімдесяті роки філія був укомплектований фахівцями, які складали кістяк сучасного Сибірського НДІ сироваріння. Одночасно проходило оснащення філії сучасним дослідницьким обладнанням.
Якісному зростанню філії як наукової організації сприяло введення в дію в 1970 році нової будівлі його лабораторного корпусу та виробничо-експериментального сироробного заводу (ПЕСЗ), а, пізніше (1977-1980 рр.), І Біоцеха, зорієнтованого на виробництво заквасок та бактеріальних препаратів для сироваріння.
Таким чином, до початку вісімдесятих років філія перетворився в науково - виробничий комплекс, який є прообразом Науково-виробничих об'єднань, які зарекомендували себе як найбільш ефективна форма організації наукової діяльності в існуючих на той час економічних умовах.
В рамках спеціалізації філій ВНИИМС наукова діяльність Алтайського філії була присвячена розробці і вдосконаленню техніки і технології сирів з високою температурою другого нагрівання.
За 50 років розроблено 51 найменування обладнання для переробки молока і комбінованих продуктів (за останні 5 років - 11 найменувань).