Втеча з Аїура і битва за Шакурас
Події Brood War слідують відразу слідом за подіями оригінального Starcraft. Сверхразум знищений, але ціна перемоги велика. Сили Протосов понесли жахливі втрати, верховна рада мертвий, а мільйони зергов продовжують нишпорити по Аїур.
В обставинах, що склалися вижили ПРОТОС під командуванням Зератула і Рейдери Рейнора приймають рішення про евакуацію в таємний світ темних темпларов Шакурас.
Зерги проникають на Шакурас слідом за військами інквізитора. Перед лицем загрози темні тамплієри доброзичливо зустрічають своїх братів і спільними зусиллями їм вдається відбити портал між Аїур і Шакурас. Однак безліч зергов вже проникло в світ темних храмовників. Матриарх Разшагал пропонує план, як знищити всі сили противника на планеті одним ударом. Для цього необхідно знайти два древніх кристала Ураж і Халіс і помістити їх в древній храм Зел-нага. Тоді енергія кристалів вивільниться і разом знищить усіх зергов на планеті. Але спочатку необхідно очистити сам храм від окупували його сил зергов, ведених двома церебрали.
Примітка: Ні Starcraft, ні Starcraft Brood War не були офіційно перекладені на російську мову. Тому часто виникає плутанина з перекладом тих чи інших назв. В рунеті кристали часто називають Урай і Кхалис, проте в оригіналі їх назви звучать саме як "Ураж" і "Халіс".
Після успішного виконання місії з'являється Керріган і просить аудієнції. Вона клянеться, що після знищення Сверхразума більше не служить зергам і пропонує ПРОТОС допомогу, а також повідомляє, що на Чарі росте новий Сверхразум. Незважаючи на скепсис Зератула, матриарх Разшагал приймає допомогу Сари. Загін екзекутора відправляється на планету Браксис, де за допомогою Керріган отримують кристал Ураж.
На зворотному шляху ПРОТОС потрапляють в блокаду недавно прибув флоту ОЗД, але завдяки кмітливості та сміливості Артанісу, благополучно збігають. Щоб отримати Халіс загін екзекутора прилітає на Чар, який як і раніше кишить зергамі.Сіли Протосов занадто малі, щоб пробитися до кристалу, тому Керріган бере контроль над частиною Роя і допомагає заволодіти кристалом. Контрольовані новим Сверхразумом зерги намагаються перешкодити, але безуспішно.
Не зрозуміло, чому темні тамплієри не вбили новий Сверхразум, хоча у них і була така можливість під час операції по захопленню Халіса.
Отримавши обидва кристала і шанс на порятунок Шакураса війська екзекутора повертаються в рідний світ темних храмовників тільки для того, щоб дізнатися про піднятому Алдаріс заколоті. Разшагал наказує знищити Протосов лояльних Алдаріс. В ході конфлікту війська екзекутора беруть гору. Зератул хоче допитати лідера бунтівників, але Керріган поспішно вбиває його, не давши заговорити. За втручання у внутрішні справи Протосов темний тамплієр виганяє Королеву клинків.
Починається фінальна битва за Шакурас. ПРОТОС вдається принести і активувати кристали в храмі Зел-нага. Всі зерги на Шакурасе знищені.
ОЗД вступає в гру
Поки ПРОТОС воювали з зергами на Шакурасе в секторі Корпулу з'явилася нова сила. Земля послала величезний флот під керівництвом прославленого адмірала Дю Галла розібратися з тим, що відбувається - підпорядкувати Домініон влади ОЗД і раз і назавжди покінчити з загрозою зергов.
За сценарієм військової кампанії спочатку треба розібратися з Менгска. Флот ОЗД атакує бланету Браксис, щоб отримати інформацію про війська Доминиона. До них примикає Самір Дюран. колишній офіцер Конфедерації. Дюран ділиться з командуванням важливими развед даними і тим самим заслуговує довіру Стукова і Дю Галла.
Щоб позбавити Домініон флоту сили ОЗД атакують верфі планети Діларіан. В результаті блискуче проведеної спецоперації загони пілотів при прикритті військ захоплюють багато що стоять в доках крейсерів Доминиона. Прибулий для контр-атаки флот генерала Дьюка потрапляє під удар тільки що захоплених кораблів і повністю знищений. Флот ОЗД отримує повну перевагу в космосі і може готувати до напад на столицю Домініону Корхал.
Однак в цей момент стає відомо про існування на Тарсонисе, зруйнованої столиці Конфедерації, пси-дісраптера. Це пристрій здатний пригнічувати ментальні зв'язку зергов і перетворювати Рой в некеровану дику зграю. За порадою Дюрана сили ОЗД летять на Тарсонис, щоб знайти і знищити пристрій. Після захоплення пристрою Стуков бере його знищення на себе.
Олексій Стуков терміново летить на Браксис, щоб використовувати проти зергов пси-дісраптер, який він таємно зберіг. Дюран звинувачує його в зраді і саботажі. Дю Галл прислухається до Дюрану і відправляє його розібратися в ситуації. Але незабаром з'ясовується, що саме останній є зрадником і більше того, служить Сарі Керріган. Дюрану вдається вбити Стукова, але пси-дісраптер вдається врятувати і використовувати проти зергов.
Флот Дю Галла відправляється на Чар, щоб захопити новий Сверхразум і через нього контролювати весь Рой. Війська ОЗД здобувають перемогу і тепер здається що ніхто вже не зможе кинути виклик їхньому пануванню в секторі.
брудна війна
Після перемоги сил ОЗД Керріган виявляється в складній ситуації. Її контроль над власним Роєм нестійкий через пси-дісраптера, значна частина зергов під контролем землян. У цих умовах Королева мечів укладає союз з Рейнором, Феніксом і Менгска.
Незважаючи на опір землян і підконтрольних їм зергов, Рой знищує все війська ОЗД на Корхале. Поки сили Рейнора і Менгска відпочивають після бою Керріган вирішує, що настав час позбутися від непотрібних союзників. Зерги раптово атакують нічого не підозрювали сили Фенікса і Дьюка і вбивають двох останніх. Рейнор в люті. Він клянеться знищити Сару і відлітає в невідомому напрямку. Керріган залишає Менгска в живих на руїнах своєї імперії.
Дивно, що після всіх бід, які Керріган принесла людству в цілому і Рейнору особисто, він з таким ентузіазмом кидається рятувати її в Starcraft 2.
Тепер Королеві клинків залишилося покінчити з контрольованим ОЗД Сверхразумом і контроль над Галактикою буде її. Тільки темні тамплієри здатні знищити церебрали або Сверхразум, тому Керріган необхідна допомога Зератула. Вона викрадає матриарх Разшагал і пропонує обміняти її на допомогу темних храмовників в знищенні Сверхразума. Рой штурмує чар, після того як оборона зломлена Зератул вбиває Сверхразум. / P>
Однак Керріган не повертає Разшагал ПРОТОС. З'ясовується, що остання вже давно потрапила під вплив Королеви клинків, ще до того, як Керріган прибула на Шакурас. У відчайдушній спробі Зератул викрадає матриарх, в надії знайти спосіб позбавити її від контролю з боку Керріган. Посланці в догонку зерги наздоганяють Протосов? і темний тамплієр вбиває Разшагал, щоб вона не дісталася Рою. Королева мечів залишає Зератулу життя і той покидає планету.
Тим часом до чару підходять три флоту: ПРОТОС на чолі з Артаніс, залишки військ Менгска і Дю Галла, всі хочуть знищити Королеву зергов. Дюран таємничо зникає. У масштабній битві на орбіті Чара Керріган розбиває всіх своїх ворогів і отримує контроль над галактикою. Артаніс і Менгськ відступають зализувати рани, флот ОЗД повністю знищений, Дю Галл накладає на себе руки.
Зератул прилітає на віддалену планету. Там він знаходить науково-дослідний центр, який займається створенням гібрида протос-зерг. За експериментами варто Дюран, який, як виявляється зовсім не служить Керріган, а лише використав її в своїх цілях. Справжні мотиви Дюрана стануть зрозумілі лише в другій частині Starcraft.