Д'Альмейда писав Маноелем, що португальцям слід налагодити насамперед торгівлю найприбутковішими товарами - перцем, рабинями, шовком, кіньми - і закінчував лист наступним радою: «Морське могутність понад усе. Уникайте захоплення нових земель, не будуйте нових фортець, крім тих випадків, коли це абсолютно необхідно для захисту ваших факторій від раптового нападу. Ми не можемо витрачати на це наших моряків ».
Закріплення португальців в Індійському океані вже почало позначатися на східній торгівлі прянощами. Португальці нещадно топили навантажені прянощами кораблі, що йшли з Індії в Червоне море і Перська затока. Підвіз прянощів в порти Леванту сильно скоротився. З іншого боку, на лісабонський ринок стало надходити все більше і більше індуських товарів, і ціни на них відразу різко впали.
Найбільше від нового морського шляху з Європи до Індії страждали Єгипет і Венеція. Природно, що мусульманські владики Єгипту і християни сеньйори Венеції скоро знайшли спільну мову в боротьбі проти нових конкурентів в Індії.
На рішення єгипетського султана вплинули і неодноразові прохання про допомогу індійських мусульман.
В єгипетських портах Червоного моря почали будувати величезний флот. Велику допомогу єгиптянам надала Туреччина, в той час найпотужніша морська держава Середземномор'я. Турки надіслали до Єгипту моряків і командирів, корабельних справ майстрів і бійців.
Венеція теж поспішила допомогти єгипетському султанові в підготовці ескадри проти португальців. Венеціанські галіони і каравели везли в єгипетські порти кращий корабельний ліс Далмація узбережжя і то, чого найбільше не вистачало єгиптянам, - гармати і снаряди. На венеціанських кораблях прибули в Єгипет суднобудівники, гармаші і мореплавці. Вони навчали єгиптян будівництва кораблів, мистецтву стрільби і кораблеводіння.
1508 року єгипетський флот під начальством Світ Хуссайн покинув Суец і рушив на південь по Червоному морю. Під Чаул Світ Хуссайн раптово напав на португальську ескадру і розбив португальців. У бою загинув командир ескадри - єдиний син віце-короля - Будинок Лоренсо д'Альмейда.
Після перемоги Світ Хуссайн під Чаул панування португальців в Індійському океані, здавалося, висіло на волосині. До переможця приєдналися Заморін Каликута, правитель Діу - Малик Айяз і володарі багатьох міст Малабарского узбережжя.
Дізнавшись про поразку португальців і загибелі сина, старий віце-король кинувся назустріч єгиптянам.
Битва під Діу вирішила питання про панування на Індійському океані. Правда, турки і єгиптяни намагалися ще кілька разів допомогти своїм індійським союзникам і одновірців, але справа обмежувалася присиланням солдатів, командирів і гармат. Ніхто вже не наважувався заперечувати панування Португалії на море.
На шляху до Португалії кораблі д'Альмейда зупинилися недалеко від мису Доброї Надії, щоб набрати свіжої води.
Португальці за весь час їхнього панування на Індійському океані завжди вважали мис Доброї Надії прикрим перешкодою на шляху до Індії - країну золота і алмазів. Землі, що лежать біля цього мису, їх ніколи не цікавили, і, прагнучи до Індії, вони кілька сот років проходили повз найбагатших у світі родовищ алмазів і золота Південної Африки.
Під час стоянки біля мису Доброї Надії португальці, як звичайно, дозволяли собі насильства над місцевими жителями - готтентотами. Вони відняли у тубільців їх биків, а потім спробували навіть захопити в рабство кількох чоловіків і жінок.
Готтентоти змушені були взятися за зброю. У сутичці було вбито тоді два португальця. Офіцери д'Альмейда зажадали, щоб їх командир організував каральну експедицію і «приблизно покарав дикунів». Д'Альмейда насилу погодився. Крихта, висадився він на берег і напівжартома сказав своїм супутникам: «Куди ви тягнете мої шістдесят років?»
Португальці були впевнені в перемозі і йшли, як на прогулянку, але несподівано зустріли жорстокий відсіч. Голі готтентотскіе воїни сміливо боролися з латників д'Альмейда. Їх загартовані на вогні дерев'яні списи наносили португальцям великої шкоди. Португальці здригнулися. Д'Альмейда наказав відступати до човнів. Але готтентотскіе юнаки швидко погнали стада між португальцями і берегом. Відступ було відрізано, і все португальці перебиті. Так загинув Франсіско д'Альмейда - перший португальська віце-король Індії, гроза єгиптян і арабів - загинув під ударами дерев'яних копій голих готтентотів Південної Африки.
Аффонсо д'Альбукеркі, один з найбільших полководців в усій історії Португалії, дотримувався іншої точки зору на індійські справи, ніж його попередник.
Ще в 1507 році, коли віце-королем був д'Альмейда, Аффонсо д'Альбукеркі, посланий до Адена ловити і топити кораблі з прянощами, порушив інструкцію короля і здійснив експедицію до аравійським і перським берегів, захопивши Куріат і Москат. Він спалив Москат, винищивши майже все населення міста, і лише небагатьох відпустив на свободу, відрізавши їм носи і вуха. Потім він з'явився в Ормузі і, розгромивши Ормузьку флот, змусив султана укласти договір. Султан Ормуза ставав васалом і данником Португалії; крім того, португальці отримали в Ормузі місце для фортеці і факторії. Але невдоволення командирів португальського флоту, які вважали, що д'Альбукеркі порушує інструкції короля Маноеля, змусило д'Альбукеркі покинути Ормуз.