Вчені довго намагалися визначити місце, займане Homo floresienses в еволюційному древі людства. Висувалися різні теорії, але всі вони мали ряд недоліків або суперечили фактам.
За однією з подібних гіпотез передбачалося, що «хоббіти» є нормальними людьми з явними ознаками деградації головного мозку. Деякі антропологи висунули припущення про те, що в регіоні була поширена якась спадкова хвороба, наслідком якої стало слабоумство і фізична дистрофія.
Однак проти цієї гіпотези говорять знайдені відбитки ніг гомініда - на них видно, що великі пальці сильно відставлені від стопи і розгорнуті під кутом. Подібним чином властиво ряду приматів, але ніяк не Homo sapiens.
Є й інші припущення. Наприклад, ряд вчених вважає, що «хоббіти» є прабатьками сучасних племен пігмеїв Африки і Азії. Але і в цьому випадку наукові факти говорять проти - занадто велика різниця в формуванні кістяків.
Останню крапку в цьому питанні поставили два наукових відкриття, вчинені за останній час на різних кінцях планети - все на тому ж острові Флорес і в Південній Африці. Продовження розкопок в місці проживання гомінідів принесло ряд нових знахідок, серед яких виявилися останки Homo floresienses, що жив приблизно в 6000 році д.н.е. У цей час уже відбувалося становлення перших державних утворень Нижнього Єгипту і Китаю, а Homo sapiens як вид уже практично завершив свою еволюцію.
Другий знахідкою археологів стали скелети стародавніх карликових гіпопотамів, виявлені на острові Мадагаскар. Порівняння цих істот з сучасними бегемотами (Hippopotamus amphibius) і карликовими бегемотами (Choeropsis liberiensis), так само як з древніми парнокопитними тваринами, виявили наявність у них спільних предків. Однак переселення на острів і подальша ізоляція привела до істотних видозмін.
Біологи давно відзначили, що представники одного виду можуть розвиватися по-різному в залежності від умов проживання. Так, острівні істоти завжди менше в розмірах в порівнянні з материковими. Згодом ця різниця може позначитися на способі життя, режимі і раціоні харчування. Це правило вірно для більшості живих організмів.
Зіставлення подібних фактів привело до формування чіткої теорії, що описує походження Homo floresienses. Відповідно до неї, «хоббіти» представляють відособлену групу Homo erectus, яка досягли островів Південно-східної Азії близько мільйона років тому. Процес натурального відбору в умовах ізоляції призвів до того, що ці гомініди стали значно нижче ростом своїх материкових родичів.
Таким чином, можна говорити про те, що Homo floresienses колись представляли окрему гілку людства, подібно неандертальцям. Утворене співтовариство гомінідів розвивалося самостійно і не мало ніяких контактів з Homo sapiens. Що ж до причин їх вимирання, то ними могли стати кліматичні зміни або епідемія смертельної хвороби, але можна з упевненістю говорити про те, що людство не причетне до цього.
Незважаючи на передбачувані скромні розумові здібності, «хоббіти» вміли виготовляти кам'яні знаряддя праці і прикраси. Для життя вони пристосували системи печер, що покривають острів Флорес. Основу їх існування становили полювання і збирання.