Як випливає з п. 2 ст. 89 НК РФ, перевірки філій і представництв платника податків в рамках виїзної податкової перевірки самої організації проводяться на підставі рішення про проведення перевірки, що виноситься податковим органом за місцем знаходження організації.
податковий орган, який проводить самостійну перевірку філій і представництв, не має права проводити:
дві і більше виїзні податкові перевірки за одним і тим же податків за один і той же період. Інакше кажучи, встановлена заборона на проведення повторних самостійних перевірок філій і представництв, відповідний загальному забороні на проведення повторних перевірок, встановленому в п. 5 зазначеної статті (див. Вище). Строго кажучи, заборона проведення повторних перевірок платників податків було встановлено і раніше, але не було прямо визначено, що ця заборона поширюється і на перевірки філій і представництв;
більше двох виїзних податкових перевірок протягом одного календарного року. Така заборона також відповідає загальному забороні (п. 5 зазначеної статті), однак не передбачає винятків. Необхідно звернути увагу на те, що в розглянутому заборону мова не йде тільки про самостійні перевірках філій і представництв. Відповідно при визначенні кількості перевірок враховуються як самостійні перевірки філій і представництв, так і перевірки філій і представництв, що проводяться в рамках перевірки створив їх юридичної особи.
Нововведенням також є встановлення в п. 7 ст. 89 НК РФ максимального терміну проведення самостійної виїзної податкової перевірки філій і представництв: термін перевірки не може перевищувати одного місяця. Як видно, можливість продовження термінів самостійної перевірки філій і представництв НК РФ не передбачає. У той же час важко знайти аргументи проти того, що самостійна перевірка філій і представництв може бути припинена з підстав і в порядку, які відображені в п. 9 ст. 89 НК РФ.