Матеріал Євангелія Іоанна має фундаментальні відмінності. Перш за все, в ньому не згадуються і ніяк не описуються багато подій, викладені у Марка, Матвія і Луки - наприклад: Різдво Ісуса, Хрещення на Йордані, спокуси в пустелі. У той же час в ньому є події, які не згадуються в інших Євангеліях, наприклад: весілля в Кані Галілейській,
відвідування Ісуса Никодимом, воскресіння Лазаря, вчення про Св.Духа-Утішителя. У Іоанна ми не знайдемо жодної притчі і багатьох чудес. Зате ми побачимо мови Ісуса, які можуть займати цілий розділ і більш - мови, що представляють собою складні побудови, нітрохи не схожі на короткі фрази, які донесли до нас Марк, Матвій і Лука.
У Іоанна ми знайдемо і іншу хронологію подій. Якщо Марк, Матвій і Лука оповідають про служіння Ісуса після укладення в темницю Іоанна Хрестителя, то Євангеліє Іоанна показує нам, що робив Ісус до цього. Синоптичні євангелія згадують про перебування Ісуса в Єрусалимі або в ранньому віці, або в тиждень перед Голгофою. Але перешкоджав він говорить про регулярне перебування Спасителя в Святому місті. Втім, підтвердження неодноразового перебування Спасителя в Єрусалимі можна знайти і в синоптичних Євангеліях. Наприклад, Ісус, дивлячись на Єрусалим, каже: «Єрусалиме, Єрусалиме, що вбиваєш пророків та каменуєш посланих до тебе! скільки разів Я хотів зібрати діти твої, як та квочка збирає під крила курчаток своїх, та ви не захотіли! »(Мф.23, 37; Лк.13, 34)» Абсолютно очевидно, що Ісус не міг сказати таке, якби Він не побував в Єрусалимі кілька разів і не звертався до його жителям неодноразово.
Оповідання Іоанна рясніє дрібними деталями, вочевидь є свідоцтвами очевидця. Наприклад, при здійсненні чуда в Кані Галилейській було використано саме 6 камінних посудин, хлопчик приніс до Ісуса не абстрактні хліби, а саме ячмінні (6, 9), одягу Спасителя біля хреста ділили саме 4 солдата і т.д. Деякі з апостолів перестають бути чисто абстрактними особистостями, тому що у Івана наводяться їхні репліки. Таким чином, Іоанну ми зобов'язані багатьма цікавими подробицями, що дозволяють краще побачити описані події.
Відмінності четвертого Євангелія від трьох інших полягають не тільки в хронології подій або якісь подробиці. Є більш фундаментальні відмінності, причина яких в часі написання та в аудиторії, до якої звертався Іоанн.
Євангеліє написано апостолом під кінець I століття, коли ситуація у Церкві була вже не такою, як в перші 10 років її існування. Завдяки працям апостолів, в першу чергу Павла, християнство поширилося серед язичників, причому в чисельному відношенні християни з язичників отримали з кожним роком посилювався перевага над християнами з юдеїв. Тим часом, багато суті, значимі для іудеїв і добре їм відомі, язичникам відомі не були, і особливого інтересу не представляли. Простий приклад: язичник відкриває Євангеліє Матвія. Що він там бачить перш за все? Довжелезну родовід. Для іудея такі родоводи були надзвичайно значущими. Відомий випадок, коли представники священичого роду не змогли довести свою родову приналежність, тому що усі вони переписані були загублені під час завоювання Єрусалиму Вавилоном. В результаті вони не були допущені до служіння в Храмі. В даному випадку родовід мало підтвердити приналежність Ісуса до дому Давида. Але для нормального середнього елліна саме поняття будинку Давида було абстракцією, та й про Давида він навряд чи чув.
Іоанн знаходить разюче рішення. Він відкидає іудейське поняття Месії і вводить добре відоме еллінам поняття Логосу. Це поняття перекладається, як «слово», а також «сенс (поняття, причина)». Поняття Слова Божого, як Божа сила, не було чуже і іудеям (неодноразово зустрічається в ВЗ - наприклад, в історії творіння). У еллінів же існувало вчення про Логос, провідне початок від Геракліта (VI ст до Р.Х.). Згідно з цим вченням Логос - це сила, яка вносить в світ замість хаосу сенс і порядок; сила, яка надала світу рух і в повному порядку підтримує такий рух. Світ перебуває в порядку: незмінно змінюють один одного день і ніч, літо і зима; зірки знаходяться на своїх місцях. Хто встановив цей порядок? - Божественний розум, Логос. Що робить людину здатною думати, знати і міркувати? - Логос, Божественний розум, який, перебуваючи в людині, робить його мислячим. Подальший розвиток вчення про Логос отримало в працях іудея Філона Олександрійського, який стверджував, що Логос - це Божественна думка, відбита у Всесвіті. Бог - керманич всесвіту, то Логос - це кермо, Який він тримає і яким все направляє. Філон також говорив, що Логос - це посередник між світом і Богом. Св.Іоана скористався цим вченням для того, щоб дати грецькому світу поняття про Христа, тому що відповідно до Івану, Ісус це і є Логос, тобто зійшов на землю просвіщає, будуєш, що підтримує і спрямовує розум Божий.
Ще один важливий момент. В еллінів було вчення про два світи, згідно з яким є якийсь реальний світ, в якому перебувають вічні і великі реальності, в той час як видима реальність є не більше ніж бліда його копія. Платон, систематизував це вчення, вважав, що в невидимому світі є досконалі безтілесні прообрази всіх речей, а все речі і предмети видимого світу є лише тінями і копіями цих одвічних прообразів. Приклад: в невидимому світі існує прообраз, ідея столу. Всі столи на землі є лише недосконалі копії цього прообразу. Найбільша реальність, вища ідея, прообраз всіх прообразів і форма всіх форм є Бог. Іоанн користується і цим вченням. Він каже, що Христос є прийшла до нас на землю реальність.
Ще одна особливість Євангелія від Іоанна пов'язана з виникненням єресей, тобто спотворень істинного вчення. Єресі стали виникати практично відразу після початку апостольської проповіді - наприклад, прагнення християн з юдеїв не тільки зберегти Закон, а й нав'язати його виконання християнам з язичників - про це оповідає нам Книга Діянь. Відлуння розбіжностей дійшли до нас і в апостольських посланнях. Іоанн прагне спростувати дві єресі. Перша - невиправдане підвищення Іоанна Хрестителя, друга (незрівнянно більш небезпечна) - гностицизм.
В іудаїзмі довгий час існувала секта послідовників Іоанна Хрестителя. У Книзі Діянь (гл.19) є згадка про людей, які вважали себе членами Християнської Церкви, але хрещених лише Івановим хрещенням, яке, з точки зору богослов'я Таїнств, не може бути названо хрещенням в строгому сенсі слова. Апостол спокійно, але твердо ставить Предтечу на належне місце. У тому числі підкреслює, що Хреститель «тим Світлом не був» (1, 8).
На все це Іоанн дає відповідь. Перш за все, говорячи про Бога, Він стверджує, що Бог полюбив світ, і що все через Нього повстало. Далі, Він говорить, що Слово стало плоттю і на сторінках свого Євангелія постійно підкреслює людську природу Христа. В четвертому Євангелії ми, як ні в якому іншому, бачимо Ісуса-людини, який знав як втома виснаженій тіла, так і душевні муки. З іншого боку, ні в жодному іншому Євангелії не відображено так яскраво Божество Ісуса, Його Предвічного, всезнання, Божественна сила. Таким чином, Іван не тільки робить християнство зрозумілим для грецького світу, а й виступає проти виникли всередині Церкви єресей і помилок.