Сюжет другої частини починається рівно з того моменту, на якому закінчилася перша. Дивлячись ролик, згадуємо передісторію. В кімнату раптово заходить Люсі і просить піти з нею. Після невеликого діалогу лягаємо в Анімус. Спостерігаємо за народженням головного героя (Еціо Аудиторові). Нам пропонують освоїться в управлінні. Отже, рух ногами - пробіл, руками - shift, удар рукою - ліва кнопка миші, рух головою - російська «у». Встаємо з Анимуса і біжимо за Люсі. Попутно спостерігаємо за її майстерністю рукопашного бою. На автостоянці доведеться битися. Опинившись в штаб квартирі, знайомимося з іншими членами команди. Говоримо з ними по черзі.
Лягаємо в Анімус.
Флорентійська республіка.
1476 рік.
Перша послідовність.
Боремося з людьми Вієрі Пацці. Відпрацьовуємо різні комбінації. Після перемоги, збираємо з тіл повалених ворогів гроші.
Бачили б ви іншого хлопця.
Говоримо з Фредеріку. Йдемо за ним, до лікаря. Лікуємося, також в подальшому у нього можна буде купувати ліки і отрута.
Біжимо з братом наввипередки до церкви. Робимо це тих пір, поки не виграємо. Піднімаємося на самий верх.
Стаканчик перед сном.
Синхронізуємо місцевість і вирушаємо до Христини. На її запрошення піднімаємося до неї в кімнату. Побачити всю «красу» гри можливо тільки завдяки своєчасному натискання кнопок (QTE). З ранку нас виявляє батько Христини. Тікаємо від стражників.
Говоримо з батьком. Він просить нас доставити лист Лоренцу. Після передачі назад повертаємося до Джованні. Знайомимося з Уберто.
Розплата за зраду.
Говоримо з сестрою (Клаудія). Дізнаємося про те, що її чоловік зраджує їй. Знаходимо Дуччо і б'ємо його.
Говоримо з братом (Петруччо). Дістаємо для нього пір'я орла, щоб він пішов спати.
Говоримо з мамою (Марія). Йдемо за нею. Знайомимося з Леонардо да Вінчі. Піднімаємо ящик і повертаємося назад додому.
Потрібно доставити для батька 2 листи і послання з голубники.
Увійшовши до будинку, дізнаємося неприємну новину: батька і братів забрали в тюрму, необхідно їх виручати. Вирушаємо в камеру, де тримають батька. Рівень настороженості стражників підвищився, тому пересуваємося по місту обережно. Розправляємося з ворогами на даху, говоримо з батьком.
Включаємо «Орлине зір». Проходимо в потаємну кімнату. Дістаємо з скрині лист, костюм ассасина і зброю. Біля ганку нас намагаються зупинити два стражника. Вбиваємо їх. Доставляємо лист Уберті.
Йдемо до суду над рідними Еціо. Уберто замість того, щоб надати документи про їхню невинність, навпаки звинувачує і наказує вбивати батька і братів. Боротися з великою кількістю охоронців у нас поки ще недостатньо досвіду, тому розумним рішенням буде втекти.
Флорентійська республіка.
1476 рік.
Друга послідовність.
Знайомимося з Паолой. Проходимо невелику тренування. Вчимося ховатися в натовпі і красти.
Козир в рукаві.
Йдемо до Леонардо. Надавши йому зіпсований предмет і сувій, він робить з нього нову зброю для нас - клинок. У двері стукає стражник. Він починає бити Леонардо, підкрадаємося ззаду і вбиваємо стражника.
Суддя, присяжний, кат.
Починаємо стеження. Використовую натовп, прокрадається до заднього двору і вбиваємо Уберто.
Нам потрібно виїхати з Флоренції, але перед цим потрібно знизити свою популярність серед правоохоронців. Для цього зриваємо плакати, підкуповуємо глашатаїв і вбиваємо хабарників.
Потрібно терміново йти з міста. Супроводжуємо матір і сестру до самої околиці.
Тоскана.
1476 рік.
Третя послідовність.
Допомога в дорозі.
По дорозі зустрічаємо Вієрі Пацці. Боремося з парочкою ворогів. І, здавалося б, зараз належить нерівний і дуже важкий бій з десятками підлеглих Вієрі, але на допомогу приходить дядько Еціо - Маріо. Вбиваємо залишилися ворогів.
Йдемо за дядьком Маріо, паралельно розглядаючи нове містечко. Отримуємо від нього трохи грошей, купуємо на ринку спорядження і ліки.
Повторення - мати навчання.
Проходимо невелику підготовку. Вчимося йти від атак, проводити контратаки, дражнити ворога і раптово тікати від нападників. В кінці тренування відпрацьовуємо нові прийоми на дядечка.
Йдемо за Маріо. Отримуємо метальні ножі. Проникаємо в місто через паркан. Вбиваємо лучників і відкриваємо ворота. Йдемо за дядьком. Вбиваємо всіх стражників, які будуть заважати. Від одного з солдатів дізнаємося про засідку і швидко вирушаємо на допомогу до дядька.
Йдемо до воріт. Спостерігаємо невелику заставку. Піднімаємося на вежу і вбиваємо Вієрі Пацці.
Йдемо за Маріо. Читаємо лист. Піднімаємося на дах особняка і синхронізуємо місцевість. Шукаємо 4 сторінки кодексу. Знайти їх дуже легко, досить поглянути на карту - «TAB».
Оглядаємося в будинку. Спілкуємося з сестрою, архітектором. Дядько покаже нам таємне святилище, в якому знаходиться великий пам'ятник Альтаїра і його обладунки. Щоб отримати їх необхідно знайти 6 артефактів, місця їх зберігання будуть доступні у міру проходження сюжету.