1. Неполярні амінокислоти (аланін, валін, лейцин, ізолейцин, метіонін, фенілаланін, триптофан, пролін). Ці амінокислоти гідрофобні. Мають незаряджений радикал. При зближенні в просторі радикали цих амінокислот забезпечують гідрофобна взаємодія.
2. Полярні, гідрофільні, незаряджені амінокислоти (гліцин, треонін, цистеїн, тирозин, серин, аспарагін, глутамін). Містять такі полярні функціональні групи як гідроксильна, сульфгідрильна і амідогруппа. При зближенні в просторі радикали цих амінокислот утворюють водневі зв'язки. Пов'язані дисульфідній зв'язком два залишку цистеїну називають цистином.
3. Кислі амінокислоти (негативно заряджені амінокислоти) мають негативний заряд (аспарагінова і глутамінова кислоти) при рН 7,0
4. Основні амінокислоти (позитивно заряджені амінокислоти) мають позитивний заряд при рН 7,0.
Радикали амінокислот 3 і 4 груп беруть участь в утворенні іонних зв'язків.
Амінокислоти класифікуються на замінні і незамінні (есенціальні).
1. Незамінні (есенціальні) амінокислоти не можуть синтезуватися в організмі і повинні надходити з їжею. Вони необхідні для забезпечення і підтримки зростання: аргінін, валін, гістидин, ізолейцин, лейцин, лізин, метіонін, треонін, триптофан, фенілаланін (шість амінокислот 1-ї групи, одна - другий і три - четвертої).
2. Замінні амінокислоти. Організм може синтезувати близько 10 амінокислот для забезпечення біологічних потреб, тому надходження їх з їжею не обов'язково (аланін, аспарагін, аспарагінова кислота, цистеїн, глутамінова кислота, глутамін, гліцин, пролін, серин, тирозин).