У 1798 році в Башкортостані була введена кантональна система управління, яка проіснувала до 1866 р Царські власті побоювалися нових повстань башкирів, тому вони шукали шляхи їх запобігання. Висувалися різні проекти в цьому відношенні. Була навіть пропозиція про роздачу башкирів як селян-кріпаків дворянам. Перевагу було віддано проекту, що враховує прикордонне положення Башкортостану і перетворення краю в плацдарм для проведення активної політики в Казахстані та Середній Азії. Він передбачав переклад башкирів у воєнний стан, встановлення жорсткого режиму і використання бойової енергії башкирів для охорони південно-східного кордону імперії та участі у зовнішніх війнах Росії.
Василь Олексійович Перовський, оренбургский військовий губернатор в 1833-1842 рр. оренбургский і самарський генерал-губернатор в 1851-1857 рр. був видатним військово-політичним діячем Росії першої половини XIX ст. був позашлюбним сином графа А.К. Розумовського, мав звання генерал-лейтенанта, генерал від кавалерії, генерал-ад'ютанта, граф, кавалер вищої державної нагороди - діамантових знаків ордена св. Андрія Первозванного.
Як наближений імператора Миколи I, керував Оренбурзьким краєм, маючи самі широкі повноваження, був вірним слугою самодержавного держави, багато зробив для зміцнення позицій уряду. Про це свідчать придушення їм «вогнем і мечем» заворушень і повстань народів, посилення Оренбурзької укріпленої лінії і козачого війська; організація військових походів в Хівинське і Кокандское ханства. Він був ініціатором зведення в Оренбурзі ряди кам'яних будівель для державних і громадських потреб, водопроводу, Караван Сарая для Башкирського війська, розведення лісів на прикордонній лінії, відкриття лісового училища, шкіл і училищ в ряді міст, домігся вакансії для башкирських юнаків у гімназії та університеті Казані . Розуміючи неминучість переходу башкирів до землеробства і осілості, на відміну від ряду губернаторів різко виступав проти насильницьких заходів при вирішенні цього питання. В.А. Перовський часто проводив літо на башкирських кочовищах, де спілкувався з місцевими оповідачами і Сесен, що імпонувало башкирський феодальний верхівці і сприяло створенню його позитивного образу. Про нього як про людину і правителя складені і понині збереглися башкирські пісні та марші ( «Ак мечеть», «Сир-Дар'я», «Перовський»).
Військова служба башкирів і мішарей була вигідна уряду і у фінансовому відношенні, бо вони несли службу за свій рахунок.
У 1803 р башкирських кантонів стало 12. Вони не мали особливих найменувань і розрізнялися тільки порядковим номером.1-й кантон (центр кантону знаходився в дер. Елпачіха) складався з башкирів Осинського і Пермського повітів, 2-й (дер. Ібрагімова) - єкатеринбурзького і Красноуфімского.3-й (дер. Курмановим) - Щадрінского повітів Пермської губернії, 4-й (дер. Мало-Муйнаково) - Троїцького, 5-й (дер. Ісянгільдіно) - Челябінського, 6-й (дер. Хасанова) - Верхньоуральському, 7-й (дер. Мрясово) - Стерлитамакского, 8-й (дер. Юмран-Ібрагімова) - Уфимського, 9-й (дер. Бурангулова) - Оренбурзького, 10-й (дер. Камілево) - Бірського, 11-й (дер. Челнанарат) - Мензелінского повіту Оренбурзької губернії, Елабужского і Сарапульского повітів Вятської губернії, 12-й (дер. Шланликулево) - Белебеївському, Бугульмінського і Бугурусланского повітів Оренбурзької губернії.
Башкирські кантони були утворені на основі територіального (повітового), а не родоплемінного (волосного) принципу. До складу кантонів зазвичай волості входили повністю. Але чимало було випадків, коли волость виявлялася розділеної між кількома кантонами. Це вело до ліквідації колишніх волостей і роздроблення загальної волосний власності башкир на землю, що опинилися в різних кантонах.
Мішарскіе кантони знаходилися на території тільки Оренбурзької губерніі.1-й кантон (дер. Адзітарово) включав мішарей Троїцького і Челябінського повітів, 2-й (дер. Бузовьязи) - Бірського і Мензелінского, 3-й (дер. Бузовьязи) - Стерлитамакского, 4 -й (дер. Богданове) - Уфимського і 5-й (дер. Туркеево) - Бугульмінського повітів.
За розміром території та чисельності населення кантони були неоднакові. За відомостями на 1826 в 12 башкирських кантонах налічувалось 1804 села з 47 480 дворами, в 5 мішарскіх кантонах - 356 сіл з 7652 дворамі.1, 2 і 3 башкирські кантони мали від 30 до 68 сіл, 4, 5, 6, 8 , 10 і 11 кантони - від 102 до 202 сіл, 9 і 12 кантони - від 242 до 284 сіл. Населення в них коливалося від 4 до 22 тис. А в мішарскіх - від 1500 до 6600 душ м. П. '
Влада при управлінні краєм широко використовували політику «розділяй і володарюй», нацьковували і протиставляли башкирів, мішарей, татар, казахів один на одного. З 1747 по 1846 рр. існувала заборона на шлюб башкир з казашка. Розпорядженням Перовського з 1853 р було скасовано перебування башкирів в Казахстані для навчання дітей грамоті і «для відправлення богослужіння» 627. Все це підтверджує слова В.І. Леніна: «Політика гноблення національностей є політика поділу націй».
Юртовие старшини призначалися кантонами начальниками з числа декількох кандидатур, обраних чиновниками від кожної юрти. Вони були наділені досить широкими правами з управління населенням юрти. Для збереження «загального спокою, безпеки і порядку» в кожному селі вибиралися сільські начальники - «аульні» соцькі і десятники, які підпорядковувалися становим приставам. Соцькі і сільські начальники обиралися з числа грамотних башкирів, які володіють російською мовою, бо «знання башкирами російської мови робилося поступово загальним». Соцькі і десятники відповідали за своєчасне виконання населенням підводної повинності, вирішували деякі спірні справи, ділили земельні ділянки між домохозяевами.
У більшості сіл були податківці, доглядачі хлібних запасних і насіннєвих магазинів, лісові наглядачі, дорожні доглядачі. Всі вони обиралися сільськими громадами, а потім затверджувалися юртового старшинами і кантонами начальниками.
У 1850 р серед башкир було 590, серед мішарей - 69 дворян разом з членами сім'ї. Всі вони служили кантонами або юртового чиновниками. Подарованих царями маєтків у башкирських дворян не було. Використовуючи адміністративну владу, башкирські чиновники-дворяни на свій розсуд розпоряджалися общинними землями і експлуатували рядових башкирів. Крім того, вони землю купували. В середині XIX ст. в їх руках було 237 512 дес. землі. Крім патріархальних форм експлуатації населення, таких, як еме (допомога) і пауин, вони широко практикували боргове закабалення й інші способи використання праці рядових башкирів.
Башкирські тархани юридично не були прирівняні до жодного з видів дворянства. Будучи вільними від всіх грошових і натуральних повинностей, вони несли військову службу. У 1821 р губернськими владою були зібрані відомості про кількість Тарханов. Виявилося, що більшість потомствених Тарханов давно загубленого свої грамоти, отримані від царів. До того ж, в збережених документах не було обумовлено, що тархани прирівнюються до дворянам. Тому генерал-губернатор Ессен вирішив «залишити їх на правах колишніх в башкирською стані». Більшість Тарханов було переведено в розряд пересічних башкир. Лише їх частина отримала дійсні офіцерські чини, добилася особистого і спадкового дворянства. Таким чином, до середини XIX ст. інститут тарханства втратив своє юридично-правове значення. Однак багато тархани і в нових умовах виявилися в числі військових і цивільних начальників.
Царський уряд, ревно оберігаючи права російських дворян, обмежувало права феодалів неросійських народів. Однак деяке обмеження політичного становища башкирської феодально-чиновницької верхівки аж ніяк не заважало їй пригнічувати рядову масу.
Кантони начальники фактично були повновладними господарями в своїх кантонах. Про зловживання башкирських чиновників один з очевидців подій писав, що в цьому плані російські «станові справники і інші перед ними немовлята. Вони, коли беруть хабарі, все-таки намагаються прикрити якими-небудь, хоча і дріб'язковими приводами, наші ж (башкирські чиновники) все це роблять з якоюсь нахабством, майже відкрито, і, аж ніяк, не бояться відповідальності перед начальством. »638. «Кантон начальник, його помічники, юртовие старшини - посади, що не дають жодної платні, окрім способів несправедливої збагачення», - зазначав у своєму звіті флігель-ад'ютант полковник Ігнатьєв, майбутній Петербурзький генерал-губернатор, який перевіряв в 1830 р скарги на башкирських чиновників. Побувавши в Оренбурзькій губернії з тією ж місією полковник Прянішніков назвав кантонів начальника «бичем народу», за короткий час «після отримання посади ставав найбагатшою людиною». У 1867 р чиновник канцелярії військового губернатора осавул Альмухаметов Куватов в своїй записці «Про причини збідніння башкирського народу» свідчив, що «кантони начальники брали у башкирів одних подарункових коней цілими табунами».
Наочним прикладом беззаконня і свавілля, що панували в кантонах, може служити «діяльність» начальника 6-го кантону Верхньоуральському повіту поручика Аккула Біктімірова. У 1811 р з тисячної резервної команди він самовільно зібрав для себе по 6 руб. з кожного, а з іншої команди з 500 чол. стягнув з 16 руб. з людини. У наступні роки він неодноразово привласнював зібрані з населення гроші. За відмову дати гроші Аккул піддавав людей жорстоким тортурам - бив палицями, до смерті засікав батогами. Підвальне приміщення кантонів штаб-квартири в д. Сібаево він перетворив у в'язницю, де тримав людей у ланцюгах і кайданах. Аккул продавав башкирів-Байгушів казахським феодалам, влаштовував для викрадення коней набіги на сусідні народи. Злочини його тривали протягом 22 років. Однак влада змушена була віддати Аккула суду. У 1820 р указом Сенату він був засуджений до позбавлення всіх чинів, відсторонення від посади і заслання до Сибіру на поселення. Але покарання Аккул не поніс через похилого віку і хвороби. Не відставали від кантони начальників і інші посадові особи. Одним з поширених способів експлуатації рядових башкирів юртового старшинами було використання їх у своїй «домашній роботі». Так. юртового старшина 4-го башкирського кантону Байсара Кулбаков протримав у себе ординарця замість одного місяця п'ять років, використовуючи його «у своїй власній роботі. без будь-якої плати ».